PCMODEL 主页 http://www.serenasoft.com/ 简介 图形界面程序，利用MOPAC进行半经验计算，并具有显示分子模型的功能。支持多种量化程序的输入格式。
由于作者去世，PCMODEL现在可以免费下载使用。功能 1. PCMODEL支持的力场有：MMX，MM3，MMFF94，Amber，Oplsaa，可以用这些力场进行几何优化计算。代码的计算前端现已完全重写，可以使用更新的最小化技术，还能使用一阶和二阶导数方法。GMMX的构象搜索程序进行了整合，可以一次搜索四环和五十个可转动键。可以计算简正振动模式。可以使用各种比较方法，输出的结构可以查询键长、键角、二面角和NMR耦合因子。原子数的限制增加到2500个。
2. 与一个或几个子结构以及小分子的对接。
3. 内置的MMX力场具有六十种原子类型和普通参数，以及过渡金属的函数和参数，MMX力场最小化方法能够提供一些市售的最完整的分子模拟工具。对于开壳层体系的分子力学计算，共轭体系的非限制性Hartree-Fock π方法提供了前所未有的精度。标准的RHFπ方法可用于模拟含C、N、O闭壳层体系的模拟。对于特殊的芳香碳类型提供很好的芳香结构，无需做π计算。此外，程序的MM3，MMFF94，Amber和Oplsaa力场包含了现今所有发布的参数。
4. 处理任意多个金属原子，每个结构中最多可以有20种不同金属类型。对于过渡金属化合物，可以用σ成键、孤对配位以及π体系配位进行构建。参数可用于所有的过渡金属。
5. MMX力场可进行包含键角依赖和键长依赖的氢键计算。过渡态建模和动力学模拟只需一个按钮就可完成。
6. 通过编辑参数文件，可以为PCMODEL加入自己的参数，包括键角，键长，扭转常数，以及偶极信息。
7. 显示选项提供用于分子模拟计算的补充信息，包括电荷曲面，实心范德瓦耳斯曲面，水溶剂化曲面。
8. 结构和电荷参数在屏幕上即指即得。
9. PCMODEL可作为量子化学程序前端，目前提供对Gaussian，Gamess，Jaguar，ADF，PQS，Turbomole，Q-Chem，Hondo，Ampac和Mopac的完整支持，通过使用简单的对话框产生这些量子化学程序的输入文件，通过读取计算输出文件显示计算的结构，轨道（需要辅助程序Orbdraw）和简正振动模式（需要辅助程序Vibrate）。
10.PCMODEL还读写用于其它类型分子计算程序的文件：MM2，MM3，MOPAC，Ampac，Gaussian，Gamess，Jaguar，Hondo，TurboMole，Macromodel，Alchemy，Sybyl，Chem-3D，MDL-Mol，ADF，PQS，Tinker，Smiles，PDB，和SDF。
11.OpenGL图形引擎，用于高质量的图形显示。
12.蛋白质，糖和核酸的构建工具。
13.有机金属的有心立场模型。
14.半经验分子轨道计算。
15.制作avi和quicktime格式的电影动画。Pcmodel 10.0支持Gaussian 09和Mopac2012。
平台 Windows XP/2K/NT/ME/98，MacOS X，Linux，FreeBSD，SGI，HP_UX，IBM RS-6000。 相关软件 1. Brabosphere 2. Molekel 3. Vibrate