Amsterdam Modeling Suite(AMS;旧名ADF) 主页 http://www.scm.com/ 简介 ADF是专门作密度泛函计算的软件。包括ADF和BAND两部分,ADF部分的简介见下。BAND部分类似,但专门用于计算周期性体系(晶体,聚合物等)。ADF-GUI和BAND-GUI分别在图形界面下创建ADF和BAND的计算任务和图形显示结果。由于ADF模块与ADF套件重名,2018年ADF套件更名为Amsterdam Modeling Suite(AMS),ADF只作为模块的名称。 功能 单点计算,几何优化,过渡态,频率和热动力学特性,跟踪反应路径,理论预测化学催化过程,计算任意电子组态,激发能和(超)极化率,使用含时密度泛函(TDDFT)理论(于1999年2002年分别加入到ADF模块和BAND模块中),NMR化学位移,激发能,超极化率,范德瓦尔斯系数,用QM/MM(量子力学/分子力学)混合近似处理大体系环境。ADF使用的全部是Slater型基组,不同于大多数量化软件使用的高斯基组。
应用范围
2002版的基组库包含了Z=1-118号所有元素,而且对常见元素有不同尺寸的基组,从最小的到高质量的,并且对在ZORA近似中的相对论计算和需要附加弥散基函数的响应计算提供了特殊的基组。
模型哈密顿量
--选择一种密度泛函,局域密度近似(LDA)和广义梯度近似(GGA)。LDA包括Xonly,Xalpha,VWN和Stoll修正的VWN;GGA包括Pw91,Blyp,Lb94,以及2002版加入的PBE,RPBE,revPBE等。2002版新加入GRAC和SAOP交换相关势,能够改善LB94和BP的结果。最近流行的Meta-GGA交换相关泛函进行post-SCF处理能够获得标准G2计算的精度,也加入到2002版中。
--自旋:限制或非限制
--相对论效应:标量近似和自旋轨道(双群对称性),使用ZORA(推荐)或泡利原理(以前使用)。
--环境:溶剂影响,均匀电场,点电荷(Madelung场),QM/MM方法
分析
--在化学组成(空间相互作用、泡利排斥、轨道相互作用......)中键能的分解。
--数据的表示(分子轨道系数、穆里肯布居),按照分子中化学片段的组成以及传统的元素基函数表示。
--原子的电荷由Hirshfeld分析与Voronoi分析,以及经典穆里肯布居决定。
--功能强大的的图形用户界面ADFinput,只用鼠标就能设置ADF非常复杂的计算,还可以显示分子。需要单独购买。ADF 2004.01的新功能:
1. 改善了格点生成程序,更利于几何优化的收敛。某些在ADF 2003中很难收敛的几何优化计算,现在在十次迭代之内即可收敛。
2. TDDFT计算手性光学特性:圆二色性和旋光色散。新的方法实现了并行化,可以很简单地处理大分子。
3. Meta-GGA和混合交换-相关泛函(如B3LYP)。
4. 几何优化加入新的Hessian更新和坐标限制方法。
5. 到NBO 5.0的接口(需单独购买,仅提供给NBO用户)。
6. 默认的非限制计算打印S2的期待值,用于检查自旋污染。
7. 程序加速:更快的解析二阶导数;并行化的NMR和CPL(用于计算NMR自旋-自旋耦合常数)程序;Fock矩阵计算加速;BAND的TDDFT程序。
8. ADF-GUI新增模块:ADFspectra从TAPE21的信息显示不同类型的光谱:DOS,红外,以及光学光谱;ADFmovie显示振动过程中的核移动,监视几何优化的进程。
9. Windows版更容易安装和使用,无需再用Cygwin模拟器和进行环境变量设置,计算速度也大大提高。ADF 2005的新功能:
1. ADF-GUI支持OpenGL,增加了显示Raman和CD光谱的功能。
2. 离散反应场环境模型。
3. 基于QM/MM的离散溶剂反应场(DRF)模型。
4. Nalewajski-Mrozek键级分析。
5. TDDFT支持开壳层分子的激发能计算和核电子激发的计算,包括自旋反转激发。还可以用含时流密度泛函理论(TDCDFT)计算激发能。
6. 几何优化加入线性标度技术。
7. 几何优化和过渡态搜索使用非定域化坐标,适于大体系和松弛体系。
8. 用拉橡皮筋(NEB)方法搜索过渡态。
9. 频率计算使用对称位移方法,可以只计算IR-可见频率。
10.新的交换关联势:XC势和能量包括KT1,KT2,XLYP;XC能量泛函包括OPBE0和X3LYP。
11.ZORA TZ2P+基组增加了对57-70号元素的支持。
12.对于H-Kr元素,对非相对论的SZ,DZ,DZP,TZP,TZ2P基组增加了弥散函数,用于TDDFT的激发能计算。
13.LDA势的解析二阶导数。
14.产生PDB文件。
15.更新了物理常数。ADF 2006的新功能:
1. 发布BAND-GUI,用于创建BAND的输入文件,以及显示能带结构及轨道。
2. 对ADF-GUI的改善:支持片断,易于创建无机化合物,显示自旋-轨道结果,这些选项的指南。
3. 解析二阶导数,用于GGA级别的快速频率计算。
4. SCF支持杂化泛函(如B3LYP)。
5. 自旋-轨道耦合TDDFT。
6. 冻结密度的嵌入。
7. 拉曼共振。
8. 半经验色散校正。ADF 2007的新功能:
1. ADF改进:离域坐标的优化;解析频率的频率扫描;选定模式的快速拉曼强度;过渡态搜索(局部Hessian和改善的NEB);自旋-轨道梯度;振动圆二色性(VCD)谱;环境模拟(冻结密度嵌入FDE,QUILD);新的SCF收敛选项;MO6交换关联能量泛函。
2. BAND改进:周期结构的优化;TDDFT的扩充(金属,自旋-轨道影响,Vignale-Kohn泛函);线性标度及加速;新的TZP基组,对镧系元素基组进行了改进。
3. ADF-GUI改进:新的ADFjobs模块用于远程任务控制;输出显示选项;对可用性和设计的改进。
4. BAND-GUI改进:表面和晶体构建工具。
5. 支持更多平台:并行Windows版本,用于多CPU或多核的机器;HP-MPI用于各种集群的配置。ADF 2008的新功能:
1. ADF:改进了结构优化和过渡态搜索;Grimme的色散校正GGA交换关联泛函。
2. BAND:过渡态搜索;数值频率;ESR A张量和g张量;meta-GGA泛函和PBEsol;(部分)DOS的显示。
3. COSMO-RS:QM方法预测化工热力学。
4. DFTB:密度泛函紧束缚程序。
5. 超快的Bader AIM原子特性。
6. 磁化率,共振极化率。
7. 简化脚本。ADF 2009的新功能:
1. ADF:杂化泛函的梯度,数值频率,激发能,和NMR;meta-GGA和meta-杂化泛函的梯度和数值频率;精确交换优化有效势方法(OEP);杂化泛函使用自定义的HF交换比例;重元素的色散校正泛函;XC泛函的其它更新;使用激发态有限寿命的共振Raman;磁二色谱,A,B,C项;Verdet常数和Faraday B项;穆斯堡尔谱;激发能计算中,含微扰的自旋轨道耦合;TDDFT中的COSMO;核共振振动谱(NRVS);自洽反应场(SCRF);FDE能量计算;有限尺寸的核电荷分布;化学键的自然轨道(ETS-NOCV);能量DIIS和ARH;移动式分块Hessian(MBH);多层Quild的改善,包括对GUI的支持;自旋反转方法用于对称破缺;分块束缚。
2. ADF-GUI:部分DOS和NRVS;改善了溶剂化,蛋白质,对称化;支持多层计算;运行DFTB,MM,MOPAC,和OpenBabel;任务排队。
3. BAND:快速Bader AIM电荷;revTPSS和色散校正泛函;固体的电场梯度(EFG)。
4. BAND-GUI:对所有空间群支持创建固体/表面;输入.cif文件;任意格点的ELF,STM图像和其它的特性;改善了自旋非限制计算的支持;显示布里渊区。ADF2010的新功能:
1. 光谱:激发态梯度;Franck-Condon振动效应;(共振)VROA;选择激发范围;凝聚态NMR
2. 溶剂化效应:周期结构的COSMO;3D-RISM
3. COSMO-RS数据库:1800个预先计算的标准溶剂用于快速计算热力学特性
4. 研究势能面:TSRC过渡态搜索;ADIIS SCF收敛方法;改善的离域化优化;Grimme的DFT-D3色散校正交换关联泛函
5. 效率:BAND中的各种加速;共享内存库可以运行以前受每核内存限制的任务ADF2012.01的新功能:
1. 分子ADF程序:新的功能(非自恰Green函数;旋轨耦合下的基态零场分裂;旋轨耦合下的ESR g张量和A张量;顺磁NMR化学位移;态选择优化激发能;垂直激发自恰反应场VSCRF;SCRF和蛋白质环境;新的XC泛函revTPSS,HTBS,Grimme-D3-BJ,dDsC);新的分析(meta-GGA和meta-杂化GGA的能量分解分析;改进了杂化泛函的能量分析;AIM临界点和键路径;自旋非限制的NBO分析);精度提高(SCF收敛方法LISTi;改进了最小点和过渡态的优化)。
2. 周期BAND程序:格矢优化和旋轨耦合优化;声子色散曲线和热力学特性;QTAIM分析寻找临界点;能带结构内插方法得到平滑能带图;全解析的NMR屏蔽张量;静态均匀的电场;新的XC泛函Grimme-D3-BJ,GGA+U,HTBS,revTPSS,TB-mBJ;计算加速。
3. DFTB:功能齐全的DFTB模块;二阶和三阶自恰电荷(SCC,DFTB3);色散校正;周期与非周期体系;优化格矢参数;使用Velocity Verlet算法的分子动力学;Berendsen和缩放调温;计算声子;计算加速和减少内存需求;并行化;态密度和和能带结构。
4. ReaxFF:非反应迭代;统计氢键个数的阈值。
5. GUI:虽有输入模块都融入一个统一的GUI中;用DFTB,UFF,和MOPAC做预优化;重新设计用户接口;搜索面板、文档和分子数据库;显示声子谱,矢量场,张量,AIM;浏览KF;加速。
6. COSMO-RS:执行COSMO-SAC;三元混合物,成份线,闪点;MOPAC PM6 COSMO文件。
7. PyMD:python接口;正则系综和微正则系综的分子动力学模拟;多标度自适应MD模拟;偏移MD模拟。ADF2013.01的新功能:
1. 分子ADF程序:分区的交换关联泛函用于改善电荷转移激发;电荷转移积分;TDDFT-原子电动力学耦合方法DIM/QM;Becke积分格点使势能面更平滑,更适合结构优化;用宽带极限近似做快速NEGF传输计算;通过距离效应使杂化泛函计算更快。
2. 周期BAND程序:有效质量(电子/空穴转移);大单位晶胞的计算加速;通过对导数不连续的估计,用GLLB-SC模型势准确计算带隙;显示费米面。
3. DFTB:Grimme色散校正D3-BJ;3OB参数,对轻元素更准确的DFTB3;部分DOS的显示选项
4. ReaxFF:改善了并行;改善了重新开始计算;新的ReaxFF力场;输出轨迹选项;力偏移蒙特卡罗方法用于加速动力学。
5. GUI:支持大多数的新功能;对多原子体系改善了速度;改善了平移和缩放;Mac OS X GUI的改善。
6. COSMO-RS:包含简化的COSMO-RS数据库;辛醇-水分配系数计算的模板;工具程序的改善。
7. 加入NBO 6.0。ADF2014.01的新功能:
1. 分子ADF程序:DFT-MBD色散校正XC泛函;选择强度的激发能;NMR自旋-自旋耦合使用子体系DFT;在优化中限制距离差;电荷模型5;用径向样条函数和Zlm改进了密度拟合;NMR化学位移中的非换算ZORA自旋-轨道度规校正项;更小的TAPE21结果文件;对选择的计算瓶颈执行GPGPU (CUDA);拟合和格点依赖于局域原子;修改了Hartree-Fock交换积分的距离截断值;可扩展SCF具有更好的并行和更小的内存;并行运行COSMO;RamanRange把A1表示包含到拉曼活性表示的列表中。
2. 周期BAND程序:非共线自旋;LISTi和LISTb SCF收敛加速;更小的RUNKF文件;拟合和格点依赖于局域原子;DZP基组。
3. DFTB:TD-DFTB激发能;限制优化;QUASINANO2013.1参数;密度矩阵纯化和稀疏矩阵代数;电导。
4. 更快的MOPAC。
5. ReaxFF:改变了二面角项和共轭项;巨正则蒙特卡罗(GCMC);蒙特卡罗力场参数优化。
6. GUI
7. UFF:新的UFF4MOFADF2016的新功能:
1. 分子ADF程序:
模型哈密顿(到交换关联泛函库LibXC的接口;带有误差函数的分区杂化泛函;SM12:溶剂化模型12;COSMO溶剂化模型;FDE使用外部正交性;CDFT:约束密度泛函理论)
光谱(单三态以及旋轨耦合内核的分区泛函;CV(n)-DFT,约束变分DFT;四极振子强度;自然跃迁轨道NTO;TDDFT的近似:TD-DFT+TB,sTDA,sTDDFT;X射线发射谱XES;表面增强拉曼光学活性DIM/QM SEROA)
输运性质(FDE使用电荷转移积分)
分析(DAMQT接口adf2damqt;分数轨道密度FOD)
结构与反应性质(用ASE进行分子动力学和NEB过渡态搜索)
精度与执行(杂化泛函使用新的Hartree-Fock RI方案;新的SCF模块)
2. BAND程序:
模型哈密顿(到交换关联泛函库LibXC的接口;用于周期体系的短程分区杂化泛函;杂化泛函用于非周期体系;COSMO溶剂化模型;调整占据数,包括用户自定义自旋极化和电子空穴);TDDFT(新的极化内核);分析(周期性能量分解分析PEDA;PEDA与用于化学价的自然轨道相结合PEDA-NOCV);结构与反应性质(解析格点梯度)
3. COSMO-RS:
COSMO-RS脚本;蒸气压结果与COSMO-SAC 2013-ADF方法一致;COSMO-RS离子液体数据库ADFCRS-IL-2014
4. DFTB:
新的DFTB参数集(QUASINANO2015;来自DFTB.org的3ob-3-1);TD-DFTB的解析激发态梯度;振动分辨UV/Vis光谱;用DIIS方法改善SCC收敛;H-X阻尼
5. ReaxFF:
化学轨迹分析程序Chemtrayzer;用Chemtrayzer自动寻找反应路径,速率常数,以及反应网络;新的力场;ACKS2
6. GUI:
对ADF/BAND/DFTB/ReaxFF模块通过ASE进行分子动力学和NEB过渡态计算;最小能量交叉点MECP
7. 脚本:
ASE接口;用于自动分子模拟的Python库PLAMS;FlexMD;adfprep和adfreportADF2017的新功能:
1. 新的泛函:Perdew的SCAN meta-GGA,Truhlar的MN15
2. 模型哈密顿/环境模型:新的相对论选项X2C和MAPA;约束DFT推广到激发态;FDE使用局域化COSMO;简化的DRF
3. 光谱:包含f-d跃迁的配位场DFT;第二超极化率;双光子吸收;BAND中更快的TD(C)DFT,并推广到2D体系;单三态CV(n)-DFT
4. 分析:来自概念DFT和QTAIM的反应描述
5. 反应,势能面:ReaxFF中的分子枪;e-ReaxFF;改进的格子优化和更强大的声子计算
6. 输运:GUI中支持BAND的NEGF方法和后-DFTB
7. 速度:周期色散矫正DFTB计算更快;对于密集系统加速了ReaxFF
8. GUI:大分子和周期体系更快;更快的响应时间;仔细查看能带结构和投影DOS;用于MOF的框架创建程序;分析VCD谱;RDF
9. Quantum ESPRESSO GUI:平面波周期DFT计算程序QE 6.0被GUI支持,可用于设定输入文件,和显示输出
10.脚本:PLAMS,ASE,和iPython命令shell升级到python 3.5,支持更多的代码和功能;FlexMD的扩展
11.参数,数据库:最新的DFTB.org参数;COSMO-SAC-2016参数;自旋-自旋耦合基组;ReaxFF新的参数优化功能AMS2018的新功能:
1. ADF:激发态梯度支持COSMO溶剂化以及一些范围分离杂化泛函;电荷转移描述符、片段分析、XCDFT、电荷重组等激发态分析方法;去除虚轨道的能量分解分析、相互作用的量子原子(IQA)、升级的NBO 6等分析方法;CDFT与LFDFT并行化、RI-HF默认设置、libxc 4.2.1版等改进;POLTDDFT用于快速吸收谱(UV/VIS,CD;需GUI支持);从头分子动力学
2. BAND:计算任意k点的有效质量;支持更多性质计算:弹性张量+(体积、剪切、杨氏)模量;压力下的结构优化;线性过渡(LT)与势能面扫描支持多个自由度和任意周期性;分子动力学
3. Quantum ESPRESSO:升级到6.3;初步支持CPMD
4. ReaxFF:新的加速反应方法;用CMA-ES优化ReaxFF力场参数;分析热导率及温度分布、局部平均温度、每原子的应力张量;反应分析;弹性壁束缚;应力应变
5. COSMO-RS:快速估计COSMO-RS参数;快速液相活性因子模块UNIFAC;多种物理性质的快速QSPR预测;溶剂混合优化工具;2018版COSMO-RS数据库支持2500+种化合物;改进了离子液体参数
6. GUI:巨正则蒙特卡罗用于ReaxFF;更快的键初猜;更好地图像代码;支持ASE-NEB的中间结构;输出CIF和BGF;通过COSMO-RS模块快速预测性质;LDOS;晶体轨道重叠布居;显示NMR自旋-自旋耦合;更多片段分析的的信息;打开多文件;显示n维势能面扫描AMS2019的新功能:
1. AMS驱动:用分子枪和分子消除模拟CVD和溅射过程;用集体变量驱动的超动力学加速键断裂;在MD模拟中分析分子成分;通过PLUMED库提供各种自由能方法和MD分析;用巨正则蒙特卡罗(GCMC)寻找热力学最小值;用NEMD计算热导率;通过扫描内禀反应坐标(IRC)绘制反应途径;用振动分析工具有选择地计算和改进简正模式;简正模式分析后自动打印热力学性质;显示原子对振动的贡献(部分振动谱PVDOS)
2. ADF:离散溶剂反应场实现了DIM/QM梯度,在结构优化中使用可极化力场包含高级溶剂化;提供高级分析工具,如QTAIM和概念密度泛函选项;与AOResponse模块结合可以在极化率和拉曼谱中考虑旋轨耦合效应
3. BAND:除了COSMO可极化连续模型外,表面的溶剂化效应可以用Truhlar基于广义Born的方法SM12模型进行计算;DFT-1/2方法把Slater过渡态方法推广到固体体系,可用于带隙预测
4. DFTB:DFTB推广到Grimme的GFN1-xTB方法,可用于直到86号元素的高效量子紧束缚计算
5. MOPAC:完全整合为AMS的计算引擎,可显著加速AMS运行,包括GUI中的预优化
6. ReaxFF:OpenMP并行;命令行工具rxffutil可以重新格式化外部力场和设定参数空间选项用于训练新的参数
7. PLAMS:Python脚本环境支持AMS-MOPAC
8. COSMO-RS:可以计算聚合物,预测热力学性质和描述符,如活性系数,蒸气压,配分系数,溶解度,Flory-Huggins Chi;在纯化合物性质快速预测模块中加入新的蒸气压预测程序
9. 图形用户接口:创建聚合物;使用环心更容易地操作金属茂环和类似结构;在ADFspectra中计算和优化光谱重叠;新的工具ADFTrain可以创建、显示、操作训练数据用于参数化ReaxFF力场AMS2019.3的新功能:
1. 结构与反应性:GUI使用Filot的MKMCXX程序进行微观动力学计算;所有引擎可以用CI-NEB进行反应路径和过渡态搜索;周期体系施加非各向同性外部应力;快速验证过渡态;能量分解分析和ETS-NOCV使用非限制片段
2. 分子动力学:利用温度副本交换加速MD;非平衡分子动力学(NEMD)计算热导率;新的分析工具(径向分布函数,直方图,温度曲线);更快地显示大体系轨迹
3. 更快的模拟:自动双并行化可把某些计算成数量级地加速;更快的周期DFTB(包括GFN1-xTB)和应力张量;ADFJobs直接在Amazon Web Services云上运行计算;更块地计算振动分辨电子谱和共振Raman
4. 新的高精度方法:双杂化和MP2能量计算用于上百原子的分子;Grimme最新的D4色散校正;隐式溶剂化模型GBSA用于分子的DFTB和GFN-xTB计算
5. 新的接口:到VASP的新图形用户接口;COSMO-RS的Python;AMS与外部代码的高效pipe接口AMS2020的新功能:
1. AMS驱动:均匀电荷和多极电荷的外电场用于0D和1D、2D周期体系;热力学对低频使用自由转子内插;在可移动分块Hessian的简正模式中,部分分子可作为刚性块;更多的振动光谱:(共振)拉曼,(共振)振动拉曼光活性,振动圆二色性;用于简化输入的Region用于一组原子;通过restraints包含额外的势(如弹性);分子动力学的改进(加速键合反应,含时晶格变形,选择性禁写MD轨迹的某些部分);轨迹分析的改进(反应网络,跟踪分子吸附,自相关函数包含FTIR和扩散系数);结构优化程序的改进(用离域坐标系优化周期模型,对格子自由度进行限制,距离有关的限制可用于PES扫描,指定近似的反应坐标TSRC)。
2. ADF:用AMS驱动进行了整合(更简便的输入,双并行化的数值频率,用更快的引擎产生的初始Hessian加快结构优化,通过PES点性质快速验证极小点或过渡态,默认不再执行对称化);G0W0和RPA快速单点能计算;正则MP2加速,可以快速计算100以上原子的分子,并可用于DSD和标准的双杂化泛函
3. ADF & BAND:默认执行ZORA标量相对论处理;QM/MM和QM/QM'计算使用任何周期性;用于假想元素Uue (Z=119)和Ubn (Z=120)的STO基组
4. DFTB:默认模型采用GFN1-xTB;多k点的GFN1-xTB计算具有更快的速度;在多层计算中用于高级或低级方法
5. 机器学习势:AMS驱动与多种机器学习势后端的接口;预参数化的高维神经网络势:ANI-2x(H,C,N,O,F,S,Cl),ANI-1ccx(H,C,N,O)
6. 多层计算:杂化引擎可以很容易地设定QM/MM,QM/QM',MM/MM',以及多层计算(QM引擎:ADF,BAND,DFTB,MOPAC;MM引擎:ReaxFF,机器学习势;新的力场引擎:UFF,GAFF,Amber,Tripos),双层QM/MM的静电嵌入使用DFT或DFTB
7. ReaxFF:默认通过AMS驱动调用,模块切换很容易;可处理1D和2D周期体系;Tapered键级;电荷限制
8. COSMO-RS:更准确的多组分流体热力学,如,不同的质子化和离解状态,聚集成二聚体和低聚物,显式溶剂,构象异构AMS 2021.1的新功能:
1. 自动反应路径搜索
2. AMS驱动的改进:球形势阱;周期体系的D4色散校正(BAND,DFTB);力偏Monte Carlo用于所有引擎
3. 力场引擎:执行效率的优化
4. ADF:可极化力场(量子力学/波动电荷QM/FQ);非松弛激发态偶极矩;激发态之间的跃迁偶极矩;POLTDDFT用于模拟快速激发谱;r2SCAN-D4泛函;仅计算本征值的自洽GW(evGW);新的TZ3P和QZ6P基组用于多体微扰理论;新的配位场DFT(LFDFT)谱(ESR g张量二重态和XMCD)
5. COSMO-RS:改进流体热力学的处理
6. 图形界面改进:包管理程序反安装/安装附加组件(COSMO-RS数据库,Quantum ESPRESSO,机器学习势,配位场DFT)
把结果输出到电子表格;交互终端;改进的UI操作多个分子;Sinkbox和Safebox用于分子枪MD;PESAMS 2022的新功能:
1. 强大的参数化工具包ParAMS:易于导入、创建、显示训练数据集;使用来自AMS,VASP,Quantum ESPRESSO,和实验的数据;能量、力、结构、应力张量、电荷、坐标扫描的势能面;使用验证集防止过拟合;对DFTB和ReaxFF参数进行参数化;通过GUI把训练任务提交到远程计算机
2. 有机电子(沉积,GFN-FF,GW):沉积分子流程图和层的平均性质用于器件级别的多尺度模拟;常见非晶OLED材料及其性质数据库;通用可极化力场GFN-FF支持大多数元素;准粒子自洽GW(qsGW)和G3W2;DFTB计算转移积分;改进了Franck-Condon因子计算的速度与内存;与FDE兼容的QM + 波动偶极与电荷(QM/FQFμ);旋轨耦合MP2
3. 反应(反应发现、动力学):反应MD的反应速率和反应流量;动力学Monte Carlo的图形接口和python接口;自动反应映射
4. AMS驱动的新功能:Rattle/Shake约束分子动力学;FIRE优化器进行距离限制;PES扫描支持扫描晶格自由度;PES研究片段态的无能垒吸附过程;对没有收敛到极小点的结构自动进行重新优化;沉积分子混合物用于ALD,CVD,和刻蚀;用不同方法重新计算轨迹的性质;轨迹的均方位移和粘度;在命令行中计算摩擦性质
5. ADF的新功能:3D-RISM和相互作用量子原子(Interacting Quantum Atoms)的改进
6. BAND的新功能:显示旋量、费米面、旋轨耦合DOS;非传统元素(修改核电荷);电子能量密度函数
7. DFTB:显示轨道用于参数化,QTAIM用于QuasiNaNo;分子片轨道分析
8. 其它新功能:Conformer模块包含CREST;COSMO-RS-PDH包括长程静电;APPLE&P的可极化力场用于电池电解质、离子液体;Quantum ESPRESSO升级到7.0AMS 2023的新功能:
1. 新的计算引擎:M3GNet机器学习势函数可用于整个周期表的几乎所有材料;AMS和PLAMS通过ASE接口访问外部代码和接口工具;接入Quantum ESPRESSO 7.1(仅Linux/Mac)
2. 针对有机电子学的改进:通过qsGW+BSE准确计算激发能,包括自旋轨道耦合计算;OLED工作流程的众多改进,包括更准确的电子性质和激发性质,以及用GPU加速的LAMMPS进行更快的沉积;振动极化率
3. 反应性:图形用户接口支持用ACE-Reaction快速发现反应网络;用分子动力程序Nanoreactor产生化学反应;势能面探索与表征的改进;创建CatalyticFOAM的动力学输入数据,用于反应器规模的建模;改进了ChemTraYzer2的轨迹分析,进行布居统计
4. 效率与精度的改进:更快的ADF计算;Packmol接口产生气—液混合物;ASE计算界面;易用的COSMO-RS工作流程ADFCOSMORSCompoundJob和pyCRS;ParAMS并行运行和控制多个优化器;在多种级别产生、优化和调整构象;BAND和DFTB支持多步进式SCF算法;非平衡MD;针对离子液体和电解质改进了Apple&P可极化力场参数;基于子图快速预测sigma轮廓图的新方法;QSPR用于纯化合物的可合成性和液体粘度预测
5. 新的DFT功能:TASKCC泛函对TASK进行改进,具有更好的原子化能;ADF的更新(更快更可靠的复合DFT方法r2SCAN-3c(STO)、用sigma泛函更快地计算超RPA能量、用于高自旋开壳层分子的ROKS以及用近似TDDFT计算开壳层分子激发能、3D-RISM计算溶剂化的熵、圆二色性谱包含自旋轨道耦合、TD-DFT+TB进行激发态结构优化、各种新的分析选项);BAND的更新(支持Gaussian型轨道基组、MP2,RPA,GW用于分子计算)AMS 2024的新功能:
1. 训练用户个人的机器学习势
2. 做为AMS引擎的Quantum ESPRESSO:用Quantum ESPRESSO探测势能面,训练机器学习势、ReaxFF、DFTB;新的赝势库
3. Reactions discovery和反应性:Reactions Discovery工作流程通过增强反应性的MD,快速产生合理反应,并自动提取潜在副反应和对其进行排序;使用Dimer方法进行过渡态搜索;初始NEB路径使用依赖像点的对势(IDPP);反应增强(目标MD)的约束:在MD期间强制化学反应或其它结构变化,对自定义机器学习势产生适合训练的数据
4. GUI的改进:AMSinput导出PLAMS的Python脚本,改进导入运行脚本的支持,从文件或SMILES输入多个分子;AMSview显示场方向和粉末X射线衍射;AMSmovie显示MD过程中机器学习势的不确定性
5. 其它:ADF计算顺磁NMR化学位移的流程,G0W0支持通过DRF或COSMO包含环境影响;BAND从前一个计算重新开始DOS或BandStructure;MLPotential自动探测GPU;ReaxFF加入六种新的力场;APPLE&P参数升级到1.13版;COSMO-RS在pyCRS中加入“database module & CRS Manager”;通过“exit conditions”提前结束MD轨迹;存储轨迹的性质;Python输入系统PISA平台 UNIX,Linux,MacOS,Windows 相关软件 1.
ADFPLT和ADF CD Spectra Toolkit
主页:http://ja01.chem.buffalo.edu/~jochena/downloads/downloads-old.html
说明:ADFPLT:从ADF计算结果绘制MO,密度,等。ADF CD Spectra Toolkit:从ADF CD光谱计算输出产生漂亮的模拟光谱。2. Akira 3. AOMix 4. CASINO 5. ChemCraft 6. DGrid 7. Exatomic 8. Gabedit 9. GaussSum 10. gOpenMol 11. JMolEditor 12. MOE 13. Molden 14. MOLDRAW 15. MOLEKEL 16. MSC 17. PDB2ADF 18. QMForge 19. ROSE 20. Scigress 21. SNF 22. SpecDis 23. TheoDORE 24. Vibrate 25. wxDragon 26. Xaim 27. XVibs 28. yaehmop