Scigress
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http://www.scigress.com/
http://www.fujitsu.com/global/services/solutions/tc/hpc/app/scigress/
http://www.fqs.pl/en/chemistry/products/scigress
简介 
 Scigress Explorer (CAChe)是用于生命科学、材料和化学的计算机辅助化学建模软件包,适用于实验化学家,生物化学家,药物化学家,计算化学研究者,以及高等教育工作者。Scigress Explorer (Cache)使用经典和量子力学方法,并有DGauss的图形界面,可以使用密度泛函理论进行计算。它包含很多新的半经验方法,可以计算直到20,000个原子的分子,甚至可以挑战实验精度。Scigress Explorer (CAChe)包含BioMedCAChe的所有蛋白质分析工具以及全部量子化学计算程序(Fujitsu MOPAC 2006 2002,Zindo,EHT,DGaussGaussian接口)的功能。

Scigress Explorer (CAChe)在7.7.0版以后,与Materials Explorer一起并入到SCIGRESS中。

功能 
 1. 药物设计。在几分钟内预测分子的活性,结构,和ADME性质;添加结构;蛋白质配合基;研究三维构型;研究酶的机制;手性设计;构像搜索,预测溶解度。
2. 反应与合成。预测热动力学和动力学;消除副反应;寻找过渡态;从X-射线结晶图显示结构;寻找催化路径。
3. 化学设计。使用Cache预测任何化合物的性质;研究三维构造;预测IR和UV-可见光谱;预测NMR和振动光谱;研究有机金属;构造和显示晶体;测量两个分子重合的RMS性质。
4. 多聚物。预测Tg,溶解度,内聚能,摩尔体积;预测热脱水。
5. 新增PM5哈密顿量,较AM1,PM3,和MNDO这些方法,在热构成计算上能提高四倍精度。
6. 最新版本支持所有的主族元素。
7. AM1-d方法支持过渡金属:Pt, Fe, Cu, Ag, Mo, V和Pd。
8. 全部计算都在图形界面中。

CAChe 6.1增加:
1. 新的QSAR拓扑指数。
2. 自动绘制反应路径图。
3.
Gaussian接口,在CAChe下运行Gaussian的任务(需要安装Gaussian)。
4. 自动2D-3D图批处理转化。
5. 用新的MM和MD参数,更精确地优化蛋白质和配合物的结构。
6. 输入和处理蛋白质晶体的结构。
7.
LocalSCF内插模块,在半经验级别计算十万原子以上的蛋白质。
8. ProteinMD内插模块,用Amber 94/96力场进行分子动力学模拟。
9. ActiveSite内插模块,用于自动配体对接。
10.加载和净化蛋白质晶体结构的新工具。
11.新的QSAR描述符。
12.新的分析工具用于QSAR和QSPR。
13.用于简化配体设计和修改的工具。
14.自动排序(Needleman-Wunsch算法)。
15.把配体人工对接到蛋白质中。
16.半经验分子轨道程序MOS-F,用于预测闭壳层和开壳层分子的光谱特性。

Scigress Explorer 7.7增加:
1. 与Windows VISTA兼容。
2. 执行Fujitsu MOPAC 2006计算引擎。

Scigress Explorer停止开发。Scigress Explorer和Materials Explorer合并为Scigress项目。

SCIGRESS 1.0增加:
1. 通过反应过渡态和内禀反应坐标确定反应机理(MO-G
2. 确定低能量构象(CONFLEX)
3. 显示振动的IR光谱和简正模式
4. 显示紫外-可见光谱, 识别电子跃迁涉及的分子轨道(ZINDO,MO-S)
5. 3D显示轨道,电子密度,和静电势能面(Huckel,MO-GZINDO
6. 显示晶体和蛋白质的实验结构(Workspace,SequenceView)
7. 分子力学和动力学(Mechanics)

SCIGRESS 2.0增加:
1. 材料科学功能:创建聚合物、树状聚合物、界面、层面的模型;分子动力学引擎;全面的分子动力学分析
2. 化学数据库到CambridgeSoft ChemFinder的接口
3. 到最新版本MOPAC的接口
4. 最新版本CONFLEX
5. 到GAMESS的接口

SCIGRESS 2.1增加:
1. 允许用户定义MD-ME计算的化学元素
2. MD-ME静电势分布可以使用可变电荷势
3. 片段库加入ME Mol文件和ME的无穷链单位晶胞文件
4. 支持读入ME Mol文件和保存CSF文件
5. 图形显示偶极矩
6. MO-G支持PM6

SCIGRESS 2.4(欧洲版3.0)增加:
1. 图形用具界面全部重新设计
2. 分子动力学的势能参数优化,势能编辑器,EEM方法用于部分电荷计算
3. 改进了对接引擎
4. MO-G加入RM1
5. 简化的波函分析工具

SCIGRESS 2.4(欧洲版3.1)增加:
1. 执行量子半经验对接
2. 用LocalSCF生成构象
3. Linux桌面版

SCIGRESS 2.5(欧洲版3.1.4)增加:
1. 分子动力学计算加入新的势
2. MO-G估算pKa
3. MO-G优化MM矫正参数
4. 加快了CGDMS收敛和计算速度
5. 片段库可编辑
6. 支持CONFLEX7
7. 支持ADF2013
8. GAMESS接口的新功能:过渡态优化;振动光谱;势能面;内禀反应坐标
9. 支持MOPAC2012(欧洲版3.1.6)

SCIGRESS 2.6(欧洲版3.1.8)增加:
1. IR跃迁动画
2. 在平面上显示势能面的等高线图
3. MO-G升级源代码
4. 分子动力学计算加入新的势
5. GAMESS计算的部分电荷和紫外可见光谱
5. Gaussian计算的紫外可见光谱

SCIGRESS 2.7(欧洲版3.2)增加:
1. 自动QSAR分析
2. LAMMPS接口
3. 透明操作云计算和格点计算系统
4. 蛋白质清洁功能
5. MacOSX支持GAMESS
6. 批处理SCIGRESS计算
7. Fastdock代码做了优化
8. DGauss计算NMR谱
9. 支持Windows 10

SCIGRESS 2.8(欧洲版3.3)增加:
1. 图形界面下提交Quantum ESPRESSO任务和分析结果
2. 扩充LAMMPS结构优化和分子动力学功能
3. MO-S计算加入直接CIS,CM2和CM3电荷

SCIGRESS 2.8.1增加:
1. 改进的MD-ME势选择向导
2. 准备对接的受体时,可以逐步准备对接的输入
3. Autodock Vina的接口
4. PDB数据时的蛋白质清理功能
5. 溶剂分子向导
6. 分析对接结果时的显示法
7. 立体图形分子的3D显示
8. MO-G和MM做模拟时,可以动画显示结构优化
9. 改进了MO-G,MM,MD-ME的能量和梯度的图形显示
10.DGauss模拟NMR谱
11.改进了快捷键,可以实时显示原子电荷
12.改进了自动QSAR功能
13.支持LAMMPS最小化
14.支持MOPAC2016
15.Autodock Vina的电子表格功能
16.增强了安装/卸载过程
17.改进了在线许可机制

平台Windows,Linux,MacOS。
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