Materials Explorer (感谢宏剑公司提供信息)
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http://us.fujitsu.com/biosciences
http://software.fujitsu.com/jp/materials-explorer/
简介 
 Materials Explorer是FUJITSU公司的一款拥有强大的分子动力学计算功能的软件包,是结合应用领域来研究材料工程的有力工具。Materials Explorer可以用来研究有机物、高聚物、生物大分子、金属、陶瓷材料、半导体等晶体、非晶体、溶液,流体,液体和气体相变、膨胀、压缩系数、抗张强度、缺陷等。Materials Explorer软件中包含2Body,3Body,EAM,AMBER等63个力场可供用户选择。Materials Explorer软件拥有完美的图形界面,方便使用者操作。现已并入到Scrgress中。见Scrgress
功能 
 创建模型:
• MD Cell Builder ——创建非晶和有序体系
• Add MD Cell ——创建分层体系,如晶界和相界等
• Molecule Generator ——在吸附,CVD, spattering 模拟中插入新的分子到MD Cell

附加工具:
• Molecule Builder ——提供所有类型的分子的创建
• Crystal Builder ——使用空间点群和不对称单元创建晶体结构,用于无机固体及分子晶体系统的研究
• Polymer Module ——模拟不定型聚合物
• pdb → bdl 支持输入pdb格式的文件

各种灵活的模拟功能:
• NEV, NTV, NPH 和 NTP全部使用 Parrinello-Rahman-Nose 方法
• 两种积分方法: Gear (predictor-corrector) 和 Hernandez (leap-frog)
• 使用SHAKE 算法进行键约束计算
• 可以采用周期边界条件
• 研究异相系统(气-固界面,固体颗粒边界等)
• 多种分子模型:potential,rigid body,bond constraint,united atom model
• 使用Parrinello-Rahman 和 Nose 方法进行温度和压力控制分子动力学模拟
• 初始驰豫——阻止在液体和非晶模拟中的爆炸
• 外场:静电场,磁场,重力场,包括球和弹性能力校正
• 电荷确定工具——确定分子的原子电荷
• 轻松建立随机多组分液相或气相系统;
• 轻松进行分子模拟,从而研究晶体或外延生长,表面吸附和表面破坏
• 利用复制,剪切和粘贴功能建立带有缺陷和杂质的模块系统

分析:
• Monitoring Module ——显示温度,压力,内能以及其它热力学性质与时间的2D曲线图
• 3D Atomic Configuration Module —— 显示系统的快照,轨迹和动画
• MSD Module ——从输出数据计算均方位移(MSD)。显示MSD的2D图像,以及每个分子的自扩散系数
• PCF Module ——计算配对相关性函数和自由基分布函数,并描绘出相应的二维图
• Interference Function Module ——根据一对相关函数计算X-ray 和中子衍射
• Voronoi Module ——计算Voronoi 多面体的数目和这个多面体的面数。利用Voronoi分析对无定形固态进行表征
• Internal Coordinate Module ——计算键长,键角,二面角,或指定分子类型的里面角,在分布图中显示分布状态
• Velocity Auto-Correlation Function & Spectrum Module ——计算自相关函数和基于Wiener-Khintchin方法的谱
• Modulus of Elasticity Module ——计算弹性系数

平台Windows
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