Jaguar
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简介
	Schrödinger Suite的量子化学计算模块。
功能
	并行计算     能运行在大多数共享内存的平台上，还可用在IBM SP2上。 波函和能量     限制和非限制的Hartree-Fock(RHF，UHF，ROHF)     Møller-Plesset二级微扰理论(MP2)，包含冻结核选项     局域Møller-Plesset二级微扰理论(LMP2)，包含冻结核选项，和对闭壳层和开壳层的“局域局域”MP2     对过渡态和芳香环系统的LMP2计算，自动去局域化     波函的Pipek-Mezey或Boys局域化     密度泛函理论(DFT)，包括限制和非限制DFT     用于大规模DFT计算的快速多极方法     用于开壳层和闭壳层的广义价键(GVB)，最多50个GVB对。     用于开壳层和闭壳层的GVB-RCI(限制组态相互作用)     GVB-LMP2多参考微扰理论；局域-局域GVB-LMP2     GVB-DFT (GVB波函的post-SCF DFT能量求值)     CIS用于计算激发态     分子波函和能量，最多5000个基函数     用快速赝势积分技术，研究包含镧系元素的体系     平衡计算     对有机金属体系，自动进行高质量的波函初始猜测 溶剂物的计算     对电介质界面使用分子表面，进行自恰量子化学反应场计算     溶质的HF，DFT，LMP2或GVB波函     溶液系统的电荷拟合，多极矩，频率，极化率，超极化率，以及其它特性     多个片断的溶液模拟 几何优化，导数，频率，和过渡态     内反应坐标     使用HF，DFT，LMP2或GVB的分析梯度，优化分子结构     过渡态优化     HF，DFT，LMP2或GVB波函的溶液相位结构或过渡态优化     笛卡尔坐标或内坐标的优化     自动产生内坐标(Z-matrix)     限制几何优化；动态几何结构限制     对所有的优化计算默认使用冗余内坐标     HF，DFT，LMP2或GVB的频率计算（使用二阶导数），用于气相或溶液     SQM方法用于振动频率的经验定标     寻找全部过渡态的功能     势能曲面扫描 基组     STO-3G，3-21G，4-21G，6-21G，4-31G，6-31G，6-311G，D95V，D95，MSV，cc-pVDZ，以及cc-pVTZ基组，包含f函数，以及极化和弥散函数选项     有效芯势(ECP)基组，对过渡金属使用Hay-Wadt ECP，镧系金属使用Cundari-Stephens ECP 其它分子特性     拟合ESP电荷的高级方案     多极矩（一直到十六极）     耦合微扰Hartree-Fock (CPHF)极化率和超极化率张量     红外（IR）强度     整个体系或部分结构的振动光谱     热化学特性     同位素影响     Mulliken布居数和Mulliken自旋布居数分析     对一个网格输出轨道、电子密度和势     Frank Weinhold最后版本的NBO分析     分子重量和化学计量 算法和收敛方法     赝光谱和所有的分析方法     DIIS方法，GVB-DIIS (对GVB和其它计算)     对过渡金属和GVB计算，自动进行高质量的波函初始猜测和快速收敛算法     自动识别和使用分子点群对称性，包括非阿贝尔点群 输入和输出文件格式     MacroModel，BIOGRAF，和GAUSSIAN文件输入选项     输出选项，产生MOLDEN，gOpenMol，GAMESS，SPARTAN，MacroModel，GAUSSIAN，DelPhi，Grasp和Xmol输入文件     内含的Babel程序的其它输入输出选项     自动生成Jaguar restart文件，可以很容易地重新提交任务     友好的任务提交和管理程序     易用的脚本语言，用于设置复杂的计算实验     直接到MOPAC的界面 图形用户界面（GUI）和用户指南     上面列出的功能可以很容易地从图形用户界面选择     在工作站和X终端的分子图形显示，使用原子符号，GVB对选项，以及其它显示功能     GUI显示反应物，产物和过渡态结构     GUI操纵单个任务或复合任务     报告生成工具，用于从输出文件中提取数据     用户指定溶剂，电介质边界，定义DFT混合，输出选项，远程任务提交，以及其它特性     250页的用户指南，包含完整的索引，以及GUI的在线帮助 Jaguar 6.0的新功能：     基于任务的全新Jaguar界面完全整合到图形用户界面程序Maestro中     pKa值合并为工程表中的“特性”     准确预测NMR屏蔽常数     使用Maestro的曲面进行静电势的映射和显示     到f-基函数的解析梯度     在pKa预测中，使用SMARTS串进行强官能团的识别     支持用SMARTS模式定制pKa参数和官能团     用重新拟合的参数，改善了pKa预测的精度     使用冗余一致排除法，提取MacroModel的构象搜索结果     Maestro的工程表中自动加入了坐标扫描     扫描用户定义的坐标     曲面绘图不再需要重新开始文件     振动频率计算加速了15%     在Linux上使用f-函数的赝势SCF计算，以及所有平台上的非赝势计算，加速了25-35%     增加密度泛函X3LYP，MPW1K，和MPW1PW91 Jaguar 7.0的新功能：     支持Windows和Linux-IA64     频率计算并行化     SM6/CM4溶剂模型     含时密度泛函理论（TDDFT）进行激发态计算     在Maestro中显示2D势能面     新的pKa参数     改善了python脚本，用于计算氢键体系的结合能     减少了I/O，提高了大任务的速度     在Maestro中显示QM分子偶极矩     若SCF默认标准不收敛，自动用更高的精度设置重新开始     在优化的每一步之后，可以进行Mulliken布居分析     把Jaguar输出文件转化为Maestro文件     用于溶剂化计算的新的溶剂     用于结构扫描的分子轨道绘图     LMP2可以进行直到400个占据轨道的计算     增加了NBO内存上限，支持更大的分子     比较不同分子的ESP图     把波函投影到不同的基组上 Jaguar 7.5的新功能：     PBF溶剂模型可以计算振动频率，NMR屏蔽常数，和极化率     1D/2D结构扫描任务可以分配在多个处理器上     加入OLYP和O3LYP密度泛函     加入任务面板，可以运行补偿计算，以及氢-分子的结合能计算 Jaguar 7.6的新功能：     M05和M06类泛函的二阶导数计算     通过MOPAC支持半经验计算（命令行，图形接口，或ScriptCenter）     改善了平缓势能面的结构优化     曲面图用于平均局域电离势     SM8溶剂化模型     分布式平衡计算     PBF溶剂化用于TDDFT计算 Jaguar 7.7的新功能：     DFT的解析电偶极导数和IR强度     分析分子表面的静电势     计算和显示Fukui函数 Jaguar 7.8的新功能：     计算振动圆二色谱，用来确定手性     显示非共价相互作用     预测肟的pKa     计算核的静电势 Jaguar 7.9的新功能：     在PBF方法中，改善了离子的溶剂化能     B97-D泛函的一阶和二阶导数     非共价相互作用的D3校正可以与16种密度泛函进行组合；具有一阶和二阶导数     分析结构优化的收敛 Jaguar 8.0的新功能：     加入NBO升级版6.0     B3LYP-MM考虑色散，π-阳离子，以及氢键相互作用     B3LYP-LOC考虑非动态关联     B3LYP-DBLOC预测3d金属化合物的能量     PBE-ulg泛函研究非共价相互作用     自动分配振动频率换算因子 Jaguar 9.1的新功能：     加入长程色散校正泛函：CAM-B3LYP-D3和wPBE-D3     自动从内坐标转为直角坐标优化，改善结构优化的收敛     ZORA-SO TDDFT计算结束后打印荧磷光率     用ZORA计算偶极矩和多极矩     通过TDDFT数值差分计算激发态频率 Jaguar 9.2的新功能：     通过把振动模式投影到反应坐标来分析过渡态     新的配置文件可以在输入文件使用宏设定，保证多个计算的设定一致
平台	Unix/Linux，Windows，MacOS
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