PySCF更新日志
2.14.01. 加入:用于GWAC的Γ点G0W0;分子GW模块的Bethe-Salpeter方程(BSE),支持自旋限制和自旋非限制;KRPA/KURPA用于自旋限制/非限制k点RPA的新例程;用于smear系统的PBC RPA;RCCSDT(Q)修正;MC26和COF26 on-top泛函;归一化CF22D泛函并启用其内置D3色散;GCCSD的旋轨耦合(SOC)哈密顿量;CABS Singles修正;通过HOMO-LUMO混合实现对称破缺;GTH赝势用于分子的核梯度;qavg-vSZPs基组和ecp-q-vSZP;使用UHF/RKS/UKS轨道的CASCI解析梯度;用于平板/二维体系的自洽偶极修正
2. 改进:Windows支持:DLL包装器和兼容性;GW改进;GCCSD支持复轨道;gto/ecp:修复大指数下径向求积的过早收敛问题;重构高阶CC实现;KRPA和KURPA:提高ACFD EXX的数值稳定性;SCF日志记录并添加HOMO-LUMO能隙报告;wb97x-d4可配置:可通过参数dispersion.DFTD4_RECOMMENDATIONS启用DFTD4推荐的变体;重构分子Pipek-Mezey局域化代码;用CIAH算法为PBC k点轨道构建Pipek-Mezey Wannier函数;PBC k点计算中的Wannier插值;允许通过参数名自定义泛函
3. 修复:本地 .dat 文件中缺少元素时,从Basis Set Exchange加载基组;init_guess_by_mod_huckel函数现在可在无参数情况下调用;修复PCM梯度中的内存过度分配问题;修复project_to_atomic_orbitals中的MM ECP KeyError问题;Molden解析器现在可处理没有`Sym`字段的文件;pbc/df:在CCGDFBuilder.outcore_auxe2中分块kpt对,以避免内存溢出;;GHF X2C的原子近似;自定义XC的meta-GGA二阶导数顺序;分配给虚原子不正确的原子半径,导致Becke划分不佳和负BSSE;密度拟合UKS Hessian
2.13.11. 修复:发行版中缺少CP2K基组数据;小转子错误;修正了鬼原子的SG1网格半径处理;修复了ECP加载,当本地数据不可用时,能正确回退到Basis Set Exchange
2.13.01. 加入:ASE 能带结构接口;周期性边界条件DFT方法的SOC-ECP;get_rho_with_derivatives() 函数;PCM ISWIG表面离散化方法;支持Stratmann网格划分方案的 grid_response;PCM溶剂模块支持笛卡尔基函数;gw_ac 和 ugw_ac 方法;多重网格方法支持 meta-GGA(当前以较慢模式计算);SGX梯度
2. 改进:基组元素不匹配的警告;;更新了GTH基组和赝势数据库;对时间反演对称的KSCF强制使用实轨道;添加合理性检查以防止PBC平均场方法的牛顿求解器中的错误;更新ccECP;改进了PBC 2c2e积分精度,以提高PBC-GDF方法的数值稳定性;改进SGX的数值精度和性能;SCF特征值求解器默认使用正则正交化;指定辅助基组的关键词 autoaux
3. 修复:RSJK初始化;检测到ECP时跳过速度和磁偶极矩的打印;PBC SCF HF DF-JK中的 mo_coeff 重设大小;XYZ文件解析器;PCM为ECP原子分配不正确半径的错误;D2h分子对称轴设定不一致的问题;在 KGHF.get_hcore 中加载默认晶胞和k点;POSCAR解析器错误;在QM/MM接口中处理虚原子;由不正确的扩散估算导致的AO值错误;PBC DF的DF-JK构造中,边缘出现空数组的情况;在HF中使用 jkfit、MP2中使用 rifit 时DF-MP2能量不正确;frozen 属性的边缘情况(frozen=0);在 fft_jk.get_k_e1 中,exxdiv=ewald 的PBC核梯度
2.12.11. 改进:优化了smearing中的函数,以提高收敛性和稳定性
2. 修复:修复了因标量与一维数组混用导致的 NumPy 2.4.0 兼容性问题
2.12.01. 加入:使用GTH基组的TDSCF速度规范积分和振子强度;高性能CCSDT和CCSDTQ实现(T1修饰形式);GHF stability_slow;NEVPT2的密度拟合实现
2. 改进:调整UHF和ROHF的analyze()以兼容msym;在实空间上评估赝势非局域项梯度,与相应的Fock评估一致;改进GPU4PySCF接口;在赝势非局域项梯度中,若发现大的虚部,则打印警告而非报错;改进PBC DFT的实现;fci.direct_spin1求解器支持复向量;减少pbc RSGDF的内存使用;可配置的einsum后端,支持pytblis、tlibs-einsum和tensordot
3. 修复:当exxdiv='ewald'时的KRHF梯度;qcint后端的段错误;修复x2c中的一个错误,其中虚部已被弃用
4. 分子ADC模块的新功能和改进:1-RDM功能的扩展;振子强度功能的扩展;高级轨道控制;ADC初猜的改进;增强的分析和输出;错误修复
2.11.01. 加入:MCPDFT、XMS-PDFT、CMS-PDFT 和 L-PDFT;CASSCF-PDFT、SA-CASSCF-PDFT、CMS-PDFT 和 L-PDFT 的解析梯度;CMS-PDFT 的非绝热耦合矢量;针对 PBC 体系的 QM/MM 接口;DFT+U 方法的解析核梯度;QM/MM 接口中用于 MM 粒子的高斯电荷模型;MC25 泛函参数;半局域GGA泛函的应力张量;固定尺寸 APC 活性空间选择
2. 改进:自定义泛函参数的 libxc 接口;在 mol.ecp 和 grids.atom_grid 输入中使用 default;在 dump_normal_mode() 中将虚频打印为负频率;通过保留 MO 信息提升 RHF 交换计算的性能;用 Becke 电荷改进 PM 局域化的性能;分子密度拟合 RMP2 和 UMP2 支持 PBC gamma 点的 mf;ASE 接口支持 PBC 体系的晶格优化和几何优化
3. 修复:溶剂模块的 to_gpu 接口;由 get_coulG 和 super_cell 函数处理不一致导致的 k 点与超胞计算之间的 exx 不匹配问题;对称适应 k 点创建 cell.KRKS() 的问题;如果 SCF 中的额外循环未收敛,则返回 converged = False
2.10.01. 加入:vv10泛函的解析Hessian;TDDFT中的vv10响应贡献;GKS的vv10泛函;FCI的自旋分离4粒子密度矩阵;C-PCM/IEF-PCM溶剂的TDDFT和相应的TDDFT解析梯度;分子的DFT+U方法以及确定U值的线性响应方法;加入multigrid_numint方法,用于设置DFT实例中的多网格算法;TDDFT冻结轨道;用于自旋守恒电子激发的EE-ADC
2. 改进:针对重元素缺失ECP输入的检查和警告;基于BSE数据库的辅助基分配;支持自定义的基组别名;非正交晶格的多网格功能;多网格API接入NumInt模块,与FFTDF实现解耦,于是支持GDF和多网格的混合;PBC对维度=0的处理,可以用FFTDF、AFTDF、GDF和多网格积分调用维度=0的PBC;非厄米密度矩阵的Breit和Gaunt积分,支持有Breit和Gaunt相互作用的TDDFT计算;RCCSD(T) lambda方程和RDM中间数据的低内存和高效实现
3. 修复:用于6阶XC导数的transform_xc;C2h的子群;在PBC DFT中,AFTDF网格的RSH泛函计算EXX积分;溶剂模型和密度拟合的应用顺序;GHF SOSCF的慢收敛;geomeTRIC接口中的错误:最大迭代、收敛检查和非标准元素符号
2.9.01. 加入:PCM解析Hessian;密度拟合 UCCSD;有限差分梯度和 Hessian 的通用驱动程序
2. 改进:为 def2-mtzvp 和 def2-mtzvpp 指定默认的辅助基;改进smearing的初猜;libxc 接口用于在复合泛函中传递 omega;识别点群对称性时的几何容差;调整 PBC GDF 特征值分解的准确性;在 PBC GDF 中对零维体系进行特别处理;fci_dhf_slow 的密度矩阵计算
3. 修复:旋量 X2C 代码中的维度错误;C-PCM 和 SS(V)PE 梯度;DFHF的复密度矩阵;修复 COSMO-RS 功能;鬼原子的 DF 辅助基;低维体系的格点求和和范围问题;从 fromfile/fromstring 函数转储分子结构时的精度;rsdf 方法中的 kpts_band
2.8.01. 加入:CCpy扩展能够实现多种耦合簇方法;COSMO-RS功能;UHF参考的DFMP2和RPA;加入以VASP的Direct或Cartesian格式读写Cell结构的功能;为3c方法添加def2-mtzvp和def2-mtzvpp基组;libqcschema模块用于加载qcschema json
2. 改进:Gaunt和Breit项的积分筛选;DFMP2和RPA的性能与多线程效率,获得4到8倍的加速;与分子版本一致的扩展体系稳定性分析;更新到Libxc 7.0;调整TDDFT的幅度以符合CIS的习惯;加速DFT密度和XC势,特别是针对MGG;自动把已存在波函数用于SCF初猜;改进非厄米密度矩阵的密度拟合J/K矩阵的一阶导数;改善TDDFT对角化的数值稳定性;移除SR-only(如HSE)和LR-only(如wb97)RSH泛函的冗余积分计算
3. 修复:ASE v3.11.0接口中的API变化;GCCSD和UCCSD例程中缺少t2幅度的conj();UCCSD阻尼;修复becke radi方法的偏差实现;修复DFT define_xc_接口和示例;修复SR-ERI积分屏蔽的估算;修复复轨道CCSD的双粒子密度矩阵;在为低维体系产生Becke网格时考虑cell.rcut
2.7.01. 加入:SCF方法的初猜采用原子势的叠加(SAP);所有方法支持pickle序列化;ADC单粒子密度矩阵和偶极矩;自旋分离的3-RDM;SCF方法的无迹四极矩;在Cell中支持分数坐标;KSCF的布居分析;k点TDRKS的A、B矩阵;用于生成辅助基组的AutoAux方案
2. 改进:HDF5临时文件的自动清理;把SA-CASSCF的CI因子保存到chkfile;UHF/UKS初猜使用更好的自旋对称破缺代码;SCF和CC方法加入了属性.cycles用于保存迭代次数;FFT功能;核Hessian矩阵中的CPHF收敛;线性响应理论的特征值求解器;在对角化中通过对称匹配增强TDDFT代码;更高效的PBC-CDERI加载
3. 修复:DFT网格的Treutler-Ahlrichs方案所缺失的原子半径参数;对称匹配复轨道的GHF;复值FCI矩阵矢量乘法操作;奇数电子情况下Smearing-RHF的错误,并禁用Smearing-ROHF;pct_occ=1时的MP2 FNO错误;DHF偶极矩;PBC ECP积分的错误;自旋-轨道ECP解析的错误;TDDFT三重态的跃迁偶极矩错误;GHF-X2C偶极矩;FCI在柱对称性下的对称性验证代码;在SymAdaptedGHF中缺少复轨道的复共轭;FCIDUMP中的哈密顿使用自定义UHF对象
2.6.01. 溶剂化模型SMD和PCM
2. SMD和PCM的核Hessian
2.5.01. SA-CASSCF非绝热耦合矢量
2. to_gpu函数把pyscf目标转换为gpu4pyscf目标
3. 四阶和五阶XC导数
2.4.01. KGHF的Mulliken布居分析
2. 接入libmsym用于非阿贝尔点群对称性
3. Hückel变体用于SCF初猜
4. GDF/RSDF计算具有非零粒子-空穴动量传递的PBC TDDFT
5. 扭曲边界条件的PBC TDDFT
6. NVT分子动力学
7. int1e_grids使用高斯电荷模型
8. 分数占据的GHF
9. MCSCF轨道使用FCIDUMP文件
10.DF-CCSD和冻芯FNO-CCSD
11.PBC DFT使用多共线泛函
12.PBC DFT使用非局域泛函VV10
13.动态类型的undo方法
14.合并了GTO基组和GTH基组的分析器
15.合并了ECP和PP分析器
16.溶剂化模型C-PCM,IEF-PCM,COSMO,SS(V)PE及梯度
2.3.01. Gaussian MM电荷
2. UCASSCF的步长设置
3. APC活性空间选择
4. 含f电子ECP及其芯电子组态
5. 三重态TDDFT梯度
6. fci_slow.absorb_h1e的h1e支持复数
7. 改进:B3LYP更新为原始定义;默认禁止CLI解析器;RSDF、GDF、RSJK的精度和效率;get_lattice_Ls和能量截断的估计;PBC-AFTDF get_k方法;BCCD使用半正则化轨道;分子ROHF使用Smearing;重构了FCI的柱面对称性,改进了稳定性和效率;geomeTRIC库的接口升级,支持初始Hessian;NLC解析器和NLC积分代码
2.2.11. RSH泛函的密度拟合梯度和Hessian
2. SCS-MP2和SCS-KMP2
3. 含f电子ECP的电子组态
4. GHF使用标量ERI积分的ao2mo积分变换
5. 访问Basis Set Exchange的接口
6. DF-UCISD
7. 动量分解GF-CCSD
8. GHF和DHF使用MOM(最大重叠方法)
9. 改进:PBC GDF K-build;读取晶体的cubegen
2.2.01. 分子ROHF、ROKS、CASSCF、SA-CASSCF方法使用密度拟合基组的核梯度
2. 晶体轨道基组加入k点对称性
3. GDF、MDF、KCCSD的k点对称性
4. VV10梯度
5. MCSCF的自旋密度布居分析
6. BCCD
7. FCI波函的柱面对称性
8. 在DIIS中使用线性无关基
9. FCI支持复数积分
10.BOMD支持Maxwell-Boltzmann速度分布
11.改进:PBC积分精度;Libxc升级到版本6;get_monkhorst_pack_size的数值噪声;统一了单位识别
2.1.11. 加载PBC GDF张量的CDERIArray类
2.1.01. 平均场方法和MP2的k点对称性
2. UCASSCF支持态平均;MCSCF态平均使用make_rdm12s
3. 交错网格方法用于k点限制的周期MP2能量
4. 自旋-轨道基的PBC-X2C1E DFT方法
5. make_rdm2用于RHF和UHF
6. 自动产生冻芯轨道;原子的化学芯组态
7. MGGA泛函的各种功能(梯度,Hessian,TDDFT,等)
8. Mcfun(多共线泛函)及相应的GKS、DKS、X2C-DFT、TDDFT用于分子计算
9. 支持aarch64架构
10.原子球平均DFT,HFS基态组态
11.RPA,URPA
12.UCCSD使用密度拟合
13.X2C使用自旋-轨道基进行GHF/GKS计算
14.Gamma点的周期EA/IP-ADC,k点的周期EA/IP-ADC
15.CVS-IP-ADC
2.0.01. RHF和UHF参考的DF-MP2
2. Cholesky轨道作为迭代轨道局域化的初猜
3. FNOCCSD
4. SCS-DF-MP2
5. RHF-DF-MP2松弛密度
6. GDF-KMP2
7. 定制UHF的哈密顿
8. 使用近似CI求解方法的DFCASCI与DFCASSCF自然轨道
9. 使用限制性参考的QCISD和QCISD(T)
10.在线文档:https://pyscf.org/user.html
11.高斯轨道基组支持高角动量(直到L=15)
1.7.61. KMP2双粒子密度矩阵
2. PBC J、K矩阵模块rsjk
3. ADC(RADC和UADC)
4. 态平均CASSCF的解析核梯度
5. 支持SO3对称性
6. ECP-SOC用于GHF/GKS计算
7. 密度拟合GMP2
8. G0W0近似
9. 辅助二阶格林函数微扰理论
10.分子Smearing占据
11.Visscher的小分量校正近似用于DHF
1.7.51. Kramers限制性Dirac-Hartree-Fock,X2C,DHF-SOSCF
2. MINAO加入重元素基组
3. 短程部分库伦积分用于库伦衰减
4. PBC的极化率和超极化率
1.7.41. FCIDUMP读取程序可加载FCIDUMP以及产生自定义体系
2. mc.mo_occ使用自然轨道占据
3. FCI factory函数支持UHF轨道
1.7.31. ccECP基组
2. shci使用自旋1RDM
3. Becke分割的电荷布居使用PM局域化
1.7.21. pbc.eph
2. 自旋密度分析
3. 把点群和wfnsym传递给Dice
4. PBC SCF的解析核梯度
5. pbc的结构优化和梯度扫描
6. CcECP以及相应的基组
7. 相互作用杂化方法i-CCSD/MP2
9. CC可冻结自然轨道
10.部分Cholesky正交化
11.DHF指定初猜
1.7.11. TDDFT使用平衡溶剂
2. ddcosmo TDDFT梯度支持TDDFT结构优化使用溶剂化模型
3. 可极化嵌入溶剂模型
4. 非正则MP2
5. 代数图解构造法
1.7.01. k-CCSD密度矩阵
2. k-CCSD(T)使用冻芯
3. sgX方法
4. SCF驱动内核前后的hook函数
5. IP/EA-CCSD分子代码的左本征矢
6. EOM-IP/EA-KCCSD,EOM-IP/EA-KRCCSD,EOM-IP/EA-KCCSD(T) T*(a),EOM-IP/EA-KRCCSD(T) T*(a),kEOM-IP/EA-CCSD*
7. KUMP2
8. KCCSD函数spatial2spin把空间轨道的振幅表示转换为自旋轨道表示
9. DOCI,DOCI-CASCI,DOCI-CASSCF
10.DF和sgX支持RSH泛函
11.所有PBC DFT方法支持RSH泛函
12.半经验方法MINDO/3
13.密度拟合的解析核梯度与解析Hessian
14.热化学和频率分析
15.Huckel HF/KS初猜
16.QM/MM使用隐式溶剂
17.自旋轨道ECP积分
18.态平均MCSCF的结构优化
19.cube文件分析程序
20.轨道局域化方法VVO和LIVVO
1.61. 到DFT-D3的接口
2. 半芯内ao2mo变换
1.6 beta1. PBC k点SCF稳定分析
2. PBC KUCCSD
3. PBC EOM-IP/EA-KRCCSD
4. PBC EOM-IP/EA-KUCCSD
5. 非相对论静态和动态极化率、超极化率张量
1.6 alpha1. X2C-UKS(仅LDA泛函)
2. ROHF/ROKS/GKS计算周期体系gamma点;周期体系k点取样方法KROHF/KROKS/KGKS;周期UCCSD支持k点取样
3. DFT库伦积分和XC积分使用多格点
4. 微扰DMRG方法
5. 到Cornell SHCI的接口
6. PBC偶极矩和Makov-Payne校正
7. 两个CISD波函的重叠
8. 晶体与分子的EFG及Mossbauer谱
9. HF和DFT级别的分子磁化率
10.ddCOSMO和ddPCM支持MCSCF,MP,CI,CC
1.51. 在berny_solver中的方法适配程序用于任意的能量/梯度函数
2. 从DIIS文件重载DIIS
3. CCSD的重新开始功能
1.5 beta1. ddCOSMO核解析梯度
2. UHF/UKS TDA和TDDFT的核解析梯度
3. CISD/GCISD/UCISD的单粒子跃迁密度矩阵
1.5 alpha1. ddCOSMO溶剂模型
2. 加入多种新泛函
3. IAO和IBO用于分子和周期体系
4. UHF、UKS的核解析Hessian
5. FFT用于低维(2D)周期体系
6. 广义CCSD(GCCSD),广义CCSD lambda求解程序
7. 周期边界条件下的广义Hartree-Fock;周期边界条件GCCSD、RCCSD、GCCSD(T)、RCCSD(T)支持k点取样
8. RCCSD(T)和UCCSD(T)使用非正则HF轨道
9. RCISD和UCISD的核解析梯度用于基态和激发态;RMP2、UMP2、UCCSD、RCCSD(T)、UCCSD(T)的核解析梯度;MP2、CISD、CCSD、CCSD(T)的核梯度支持轨道冻结
10.CASCI/CASSCF的核解析梯度;CASCI的激发态核解析梯度
11.SF-X2C-1E的核解析梯度和解析Hessian
12.ECP积分的核解析梯度和解析Hessian
13.GIAO-ECP积分用于NMR屏蔽
14.到pyWannier90的接口
15.限制性MP2支持k点取样
16.RCCSD(T),UCCSD(T),GCCSD(T)的单、双粒子密度矩阵
17.周期边界条件使用笛卡尔GTO基组
18.数值跃迁轨道分析
19.直接RPA,直接TDA
20.设定OpenMP线程
1.4 beta1. 广义Hartree-Fock(GHF)
2. GHF使用二阶SCF求解程序
3. 非相对论UHF,UKS的g-张量和超精细耦合常数
4. 自旋轨道CISD
5. 限制性CC2
6. 密度拟合CCSD
1.4 alpha1. 旋量GTO求解
2. Dirac-Kohn-Sham(LDA泛函)
3. EDIIS和ADIIS
4. 周期CCSD使用k点取样
5. 单个k点的周期EOM-IP-CCSD和EOM-EA-CCSD
6. KUHF的自旋平方值
7. 升级到fciqmc的接口
8. Heat-Bath CI
1.31. 在PBC DF/MDF模块中处理辅助基组的线性依赖
2. 实空间格子求和的截断半径具有更好的精度
3. PBC get_bands计算任意k点的能带
4. Ewald求和收敛
5. PBC DFT计算中使用原子格点
1.3 beta1. PBC哈密顿的sf-X2C
2. 不同轨道基下两个CI波函的重叠
3. EOM-CCSD使用用户的猜测,以及Koopmans的激发
4. 近似EOM-CCSD(MBPT2基态以及分段的EOM Hbar)
5. AVAS方法用于构造mcscf活性空间
6. Molpro的XML接口,读取Molpro轨道
7. UCCSD
1.3 alpha-21. 支持1D,2D周期边界条件体系
1.3 alpha1. 量子化学ECP用于固体
2. AO直接CCSD
3. 单粒子基转动的CI因子变换
4. CIAH二阶SCF用于PBC KRHF/KUHF
5. 通过DMET-CAS分解,动态调节活性空间
6. CISD和CISD的1,2-粒子密度矩阵
7. 选择CI和选择CI的1,2-粒子密度矩阵
1.2 beta1. 态平均CASSCF帮助功能,用于自旋/空间对称性的FCI求解
2. U-CCSD(基于自旋-轨道公式)
3. IP/EA/EE-EOM-CCSD
4. CASSCF正则轨道存为molden
5. AO和AO乘积的解析傅立叶变换
6. CIAH轨道优化
7. 用numpy.tensordot函数优化的einsum函数
8. Burkatzi-Filippi-Dolg赝势
9. FCI程序支持不具备八重对称性的积分
10.双重接口调用pyFFTW或numpy.fft
11.最大重叠方法(MOM)用于SCF
1.2 alpha1. 分子及PBC双电子积分的MDF方法
2. 输出WFN
3. Gamma点RHF/UHF/RKS/UKS的周期边界条件(PBC)
4. PBC RHF/UHF/RKS/UKS进行k点取样
5. PBC AO积分
6. PBC MO积分变换
7. PBC密度拟合
8. IC-MPS-PT2
9. DMET方法产生CASSCF活性空间
10.FCI电子-声子耦合求解
11.基态DFT的meta-GGA
1.1 beta1. SCF牛顿求解程序加入轨道hessian
2. Delta SCF加入最大重叠方法
3. 行列式重叠
4. 牛顿求解程序加入正则化标记
1.1 alpha-21. CCSD(T)和CCSD(T)梯度
2. 一般JK收缩函数
3. HF Hessian
4. DFT Hessian
5. 给定轨道空间的对称化
6. 一般XC泛函(LibxcXcfun
7. 内禀原子轨道(IAO)
1.1 alpha-11. CCSD梯度
2. DMRG-NEVPT2接口
3. DFT梯度
4. TDDFT以及TDDFT梯度
5. DFT NMR
6. COSMO接口
7. QM/MM接口
8. Pipek-Mezey局域化
9. DF-CASSCF
10.特定态CASSCF计算激发态