| | 用QM/MM方法进行结构优化，以及计算单点能、梯度，Hessian和简正模式分析的程序。对于每一层计算，QMMM程序包调用QM程序和/或MM程序。QM计算可以使用半经验分子轨道方法，HF和Post-HF，密度泛函理论。静电嵌入计算可以使用所有用原子中心点电荷描述静电相互作用的MM力场，包括AMBER，CHARMM，和OPLS-AA。力学嵌入计算对力场没有任何限制，即使是分布偶极的MM3方法也可以使用。
QM程序包支持GAMESS，Gaussian和ORCA，MM程序包支持TINKER。由于代码的结构是高度模块化的，因此要调用其它程序可以很容易地修改模块。
QM与MM的边界可以用多种方案处理，包括重新分布电荷（RC）方案，重新分布电荷和电偶极（RCD）方案，极化边界RC（PBRC）方案，以及极化边界RCD（PBRCD）方案。这些方法都使用连接原子饱和QM子体系的悬键，用重新分布MM点电荷模拟MM主原子（称为M1原子）上被连接原子替换的混合轨道。在RCD处理中，对重分布电荷的值以及与M1原子相连的MM原子（称为M2原子）电荷的值作了进一步修改，以保持M1-M2键的电偶极。PBRC和PBRCD方案则在RC和RCD方案的基础上进一步考虑了边界附近QM子体系导致的MM子体系的极化。除此之外，还可以使用其它一些QM/MM边界处理方案，如原始的分子轨道-分子力学统一方案（IMOMM，也即力学内嵌方案ME），直接的静电内嵌方案（SEE），三种消除电荷方案，移动电荷方案。 |