Qbics 主页 http://qbics.info/home/ 获取方法 直接下载。 简介 Qbics是用于多尺度模拟的计算化学和生物学程序。随着对化学和生物研究感兴趣的系统变得越来越复杂,需要更先进的理论和计算方法,为此开发了Qbics。它包含最先进的量子力学(QM)和分子力学(MM)方法,以及更重要的QM/MM方法。所有三种哈密顿量都可以用于进行能量计算、几何优化、分子动力学模拟、构象搜索和许多奇妙的事情。 功能 1. 一般:只有一个预编译的可执行文件,可以开箱即用;OpenMP并行化;一些独有的方法
2. 量子力学:
HF/DFT:能量和梯度计算;LDA、GGA、meta-GGA、杂化泛函;SCF的灵活初猜(分子片,对称性破缺);80多种标准高斯基组和3种赝势;自定义基组和赝势
目标态优化(TSO):任意的非绝热态;准确的价态、芯态、双激发态和长程激发态;准确的X射线吸收谱
能量分解分析(EDA):基态和激发态;广义Kohn-Sham(GKS)和TSO方案
以mwfn格式输出波函
3. 分子力学CHARMM力场:接受标准PDB、PSF和CHARMM力场格式;能量和梯度计算;气相和周期边界条件(PBC);静电相互作用的截断和粒子网格Ewald(PME)方案
4. QM/MM:能量和梯度计算;QM和MM方法的任意组合;投影杂化轨道(PHO)可以处理任意数量的边界共价键而无需手动添加或移除原子
5. 几何优化:支持所有QM、MM和QM/MM方法;支持冻结原子
6. 分子动力学:支持所有QM、MM和QM/MM方法;NVE、NVT和NPT组合;焓和熵分离;几种抑制势;自由能微扰(FEP);增强型采样平台 Linux/Windows 相关软件