待整理的量化软件

　

http://www.scripps.edu/~nwhite/Biomer/index.html B程序。 在线java程序，用于建立多核苷酸(DNA/RNA)，多聚糖和蛋白质模型，交互式分子编辑器，AMBER力场几何优化，模拟分子动力学退火，并可以保存为gif，jpeg和ppm图像文件。

http://www.pt.tu-clausthal.de/~ptpb Projector Augmented Wave (PAW)方法。

http://lacebark.ntu.edu.au/j_mitroy/research/atomichf/atomichf.htm 一个计算原子结构的Hartree-Fock程序。

http://www.vuse.vanderbilt.edu/~cff/mchf_collection/ 一些对原子结构进行量子化学计算的程序（MCHF & Hartree-Fock）。

http://www.cobalt.chem.ucalgary.ca/ps/symmetry/ Symmetry，一个简单的C++程序，用于分析一组分子坐标的点群对称性。 平台：MS-DOS，Compaq Tru64，SGI IRIX（理论上其它Unix环境不会遇到太大的编译问题）。

http://brian.ch.cam.ac.uk/software.html 一些用于研究原子、分子团簇的程序。

http://www.krl.caltech.edu/~aib/papdat.html bkmp2，研究H3分子势能曲面的程序。

http://www.hep.ph.rhbnc.ac.uk/~blair/detsim/brahms.html BRAHMS，从头Monte Carlo计算的代码。

http://dft.rutgers.edu/lib/ http://www.physics.rutgers.edu/~happel/lib/ 密度泛函Fortran程序库。提供很多DFT代码的子程序，每个子程序都有输入和输出的例子。

http://www.ccp6.ac.uk/downloads.htm 一些量子化学/量子物理程序代码，直接下载。 abc ——A+BC体系的量子反应散射程序。 EIKONXS ——经典电荷转移轨迹代码。 QUANTXS ——完全量子电荷转移log-导数代码。 SEMICLXS ——用于曲线交叉问题的几个半经典双态近似。 傅利叶网格哈密顿量代码 ——对束缚态解薛定谔方程最简单的方法。 含时量子动力学波包代码 ——计算双原子分子的光离解。

http://www.imp.leeds.ac.uk/homes/PH/QWWAD/ 一些量子理论计算代码。

http://www.lctn.u-nancy.fr/logiciels.html LCTN，一些量子化学/分子力学软件。

http://www.mpibpc.gwdg.de/abteilungen/071/solvate/docu.html SOLVATE，分子动力学软件，直接下载。

http://www.tc.cornell.edu/reports/NIH/resource/CompBiologyTools/moil/ MOIL，分子动力学软件，直接下载。

http://www.fos.su.se/physical/sasha/md_prog.html MDynaMix，分子动力学软件，直接下载。

http://beam.helsinki.fi/~knordlun/mdh/mdh_program.html MDRANGE，分子动力学软件，直接下载。

http://fulcrum.physbio.mssm.edu/~mezei/index.html 一些分子动力学软件，直接下载。

http://www.biochemistry.bham.ac.uk/osmart/hole/ HOLE。Monte Carlo模拟程序。

http://mendel.imp.univie.ac.at/SURFACE/ASC/index.html ASC。结合了确定分子表面的面积和分子力学的代码。

http://www.fysik.dtu.dk/~stoltze/artwork/artwork.html ARTwork。基于有效媒质理论的分子动力学和Monte Carlo模拟的代码。

http://cmp.ameslab.gov/cmp/CMP_Theory/cmd/alcmd_source.html AL_CMD。经典的分子动力学代码。

http://www.cs.rice.edu/~ychu/software/geo.html DP-GEO。一个分子动力学软件。

http://www.mse.ncsu.edu/CompMatSci/code.html MD。分子动力学模拟代码，用于碳氢化合物，碳，硅，锗以及碳硅锗合金，Lennard-Jones势和束缚键碳势。

http://giotto.phys.uwm.edu/projects/elecstruct/hermsk/codes/HS.CodesAvail.html hermsk。Herman-Skillman程序代码。直接下载。

http://www.anorg.chem.uu.nl/XAFSdata/MANOO/ TT-MULTIPLETS，计算X光吸收和发射谱的程序。直接下载。

http://www.fungible.com/fungimol/ Fungimol，用于分子设计。可作为PDB文件浏览器和富勒烯/碳纳米管的编辑器。直接下载。 平台：Linux。

http://www.embl-heidelberg.de/~andrade/k2d.html K2d，从UV二色性光谱研究蛋白质的程序。直接下载。

http://www-xray.fzu.cz/jana/jana.html JANA，结晶学计算系统。进行单晶，粉末和X光的结构分析。直接下载。 平台：WindowsNT/9x/2000，UNIX。

http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/mercury/index.html Mercury，观察晶体结构的程序。填写注册单后下载。

http://dirac.cnrs-orleans.fr/MMTK/ MMTK，分子模型工具包，可以构造分子，有对蛋白质和核酸的特殊支持。提供分子力学和分子动力学计算功能。直接下载。

http://www.cmmp.ucl.ac.uk/~nts/monte.html Monte，模拟凝聚物质的Monte Carlo程序，主要用来模拟分子液体，如水和水溶液，也可用于刚性多原子分子，原子，例子和混合物。直接下载。

http://www.shokhirev.com/nikolai/programs/prgsciedu.html 一些Windows/DOS下运行的量子化学/光谱学/NMR小程序，直接下载。

http://honduras.bio.rpi.edu/%7Eisites/ISL_rosetta.html Isites，从氨基酸序列中预测蛋白质局部结构。

http://www.ccl.net/cca/software/ 一些免费的量子化学软件。

http://cst-www.nrl.navy.mil/bind/dodtb/ http://cst-www.nrl.navy.mil/~mehl/tbmd/ http://cst-www.nrl.navy.mil/bind/static/ DoD-TBMD，DoD平面波程序。

http://www.ornl.gov/ortep/ 用于晶体结构的热椭圆绘图程序。

http://trantor.bioc.columbia.edu/mcce/ MCCE是一个免费的程序，可以计算自由能，净电荷，侧链占据，质子位置和pKa。需要与商业软件delphi结合使用。

http://www.acclab.helsinki.fi/~frantz/software/gdpc.php gdpc，用于显示分子动力学模拟。平台：unix/linux。

http://staff.aist.go.jp/y-komeiji/peach/peach.html PEACH，生物化学分子（例如蛋白质，多聚核苷酸）的MD计算程序。

http://atlas.riken.go.jp/~iitaka/programs/quantum/ 计算量子动力学，FORTRAN程序。对含时Schroedinger方程求解数值积分。

http://www.tlchm.bris.ac.uk/dynamics/fghqcpe.for 该程序对势为V(x)的一维Schrodinger方程求解束缚态的本征值和本征函数。程序使用了傅立叶网格哈密顿量。

http://www.deakin.edu.au/~lim/programs/RRKM.html RRKM，多重反应程序，直接下载。用于把微观速率k(e)和态密度rhomol(e)输出到单元10中，作为主方程程序的输入。计算使用Troe修正的Beyer-Swinehart算法，用于计算自由内转子的影响。

http://www.deakin.edu.au/~lim/programs/Huckel.html HUCKEL，进行Hückel理论计算的程序，直接下载。可以计算轨道能量，轨道因子，轨道占据和原子密度。对于pi分子轨道，程序使用简单Hückel轨道(FMO)理论。

http://www.deakin.edu.au/~lim/programs/COLRATE.html COLRATE，交互式计算程序，直接下载。用于计算离子-分子，Lennard-Jones，和硬球碰撞的频率。这些信息可以用于根据每次碰撞的反应因子或每次碰撞的平均能量转换参数，解释反应速率和能量转换速率。

http://www.metro-u.ac.jp/~hada/ryosi2/main04.html Huckel程序，含FORTRAN源代码，直接下载。

http://www.teokem.lu.se/gismos/ GISMOS，图形界面的Monte Carlo模拟程序。直接下载。

http://www.mcc.uiuc.edu/cgi-bin/software/software.pl?mode=show_details&software_id=25 UPI，用于玻色体系和费密体系的路径积分Monte Carlo程序。在线注册后下载。

http://www.mcc.uiuc.edu/cgi-bin/software/software.pl?mode=show_details&software_id=8 CEIMC，耦合电子-离子Monte Carlo程序，进行原子、分子的经典Monte Carlo模拟，而分子间的作用势用量子Monte Carlo方法（变分Monte Carlo或传播Monte Carlo）而不是通常的经验势计算。在线注册后下载。

http://www.mcc.uiuc.edu/software/ KMC，三维FCC晶体的动力学Monte Carlo模拟程序。 AtomicHF，用Numerov算法求解原子体系的Hartree-Fock方程。

http://www.icpf.cas.cz/jiri/macsimus/ MACSIMUS，大分子（如蛋白质）和液体的分子动力学模拟程序。直接下载。

http://www.icpf.cas.cz/jiri/hsmd/ hsmd，用于纯硬球模型的高效分子动力学代码。直接下载。

http://www.jh-inst.cas.cz/toISO-8859-1/hp/qdyn/index2.html qdyn，是用经典球势方法，用于大的多原子分子体系的量子动力学和光谱模拟。直接下载。

http://www.cz3.nus.edu.sg/~wangjs/BeijingWorkshop.html Monte Carlo和Hartree-Fock程序，直接下载。

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ Chimera，快速的图形界面分子模拟程序，可进行分子动力学计算和分子对接。直接下载。

http://trantor.bioc.columbia.edu/mcce/ MCCE，计算自由能，净电荷，侧链占据和质子位置。直接下载。

http://afmb.cnrs-mrs.fr/rubrique113.html Turbo Frodo，大型分子模拟环境。直接下载。

http://gnxas.unicam.it/XASLABwww/pag_gnxas.html GNXAS，用muffin-tin模型计算原子周相移动。适用于计算X-射线吸收的精细结构。

http://www.ibiblio.org/pub/Linux/science/chemistry/!INDEX.html lennard，稀有气体模拟程序。

https://garleek.readthedocs.io https://www.chemie.hu-berlin.de/de/forschung/quantenchemie/monalisa https://github.com/qmcurrents/gimic https://gimic.readthedocs.io http://www.qchem.unn.ru/moltran/ https://github.com/susilehtola/HelFEM http://www.wmcsameera.com/methods.html https://sharc-md.org/ https://github.com/sharc-md/sharc PIMD http://ccse.jaea.go.jp/ja/download/pimd/index.en.html http://www.c2x.org.uk/ https://sourceforge.net/projects/gceed https://sourceforge.net/projects/condensed-matter-laboratory TopoMS https://github.com/LLNL/TopoMS https://github.com/solomonik/ctf https://github.com/devinamatthews/aquarius https://github.com/andreykutepov65/LqsgwFlapw FDMNES http://www.neel.cnrs.fr/fdmnes https://www.chemie.uni-hamburg.de/institute/ac/arbeitsgruppen/herrmann/software.html https://comp.chem.umn.edu/ant/ http://www.sax-project.org/ http://www.attaccalite.com/projects/rocinante/ https://code.google.com/p/rocinante/ http://people.sissa.it/~sorella/web/index.html 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