如果用ECP基组，则需要改为：

注意，这可能会破怀对称性，使用时要小心。

一般情况下，可以考虑换程序，换泛函或理论模型，或者换基组。还可以修改控制CPHF/CPKS方程收敛的IOP选项，有以下几个。在单点能输出之后，找到类似于下面的输出（如果计算加上了#P开关，位于"(Enter .../g09/l1002.exe)"的下一行）：

Minotr: Closed shell wavefunction.
IDoAtm=111
Direct CPHF calculation.
Differentiating once with respect to electric field.
with respect to dipole field.
Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
Using symmetry in CPHF.
Requested convergence is 1.0D-10 RMS, and 1.0D-09 maximum.
Secondary convergence is 1.0D-12 RMS, and 1.0D-12 maximum.

最后两行定义了解CPHF/CPKS方程的四个收敛标准。
第一个标准由IOp(10/7=N)控制：10^(-N)，默认N=8
第二个标准由系统设置，等于第一个标准乘10
第三、四个标准通常相等，由IOp(10/16=N)控制：10^(-N)，默认N=12。用于溶剂计算。

如果是气态分子计算，把IOp(10/7)改小一点就行了。其它可能用到的还有：
IOp(10/73)：可以增大CPHF方程的迭代次数，默认1000
IOp(10/18＝3)：CPHF方程仅迭代一次，不检查收敛。可以用来检查定性结果，通常会带来几个到几十个波数的振动频率误差，不能用于正式计算。

另外还需要注意，IOP不能在多步任务中传递，因此如果使用上面的IOP选项，结构优化和频率计算要分开算。

其中的chk文件必须保存有力常数矩阵。

问题分析：Gaussian默认使用冗余内坐标做结构优化，计算中检查使用的冗余坐标能否构成3N-L（L=6或5）个独立内坐标空间，也就是检查Wilson G矩阵是否有3N-L个非零特征值。由于产生冗余内坐标的算法本身存在缺陷，随着分子尺寸不断增加（通常几百个原子以上），有些重要的弱键如氢键可能会被丢掉，导致G矩阵的非零特征值个数小于3N-L。这时就会遇到上面的出错信息。

解决方法：
1，自己写个小程序，给定原子类型后，找出键长在一定范围的所有的弱键。如果弱键不包含在Gaussian产生的冗余内坐标中，就把它用opt=ModRedundant加到输入文件里。
2，更好的办法是改用直角坐标做优化，不仅不会遇到上述问题，还可以避免耗时的G矩阵对角化过程。不过对于有些体系会使结构不容易收敛，而且有些计算方法不支持直角坐标优化。

一，OPT(z-matrix)优化：在结构收敛后的“Optimized Parameters”表格里。缺点：有效数字太少，不能满足精度要求，将来难以重复结果。如果Z矩阵参数比较少，可以用GaussView等分子建模程序打开优化好的结果文件（建议用格式化的checkpoint文件，比文本输出文件精度高），测量这些结构参数；否则，建议自己写脚本完成此项工作。也可以同时指定Freq，这样Gaussian在频率计算步骤的一开始会自动打印优化过的高精度Z-matrix结构参数。

二，OPT或OPT(Redundant)优化：在结构优化输出的最后，会打印Z矩阵坐标以及优化后的结构参数。搜索标题“Final structure in terms of initial Z-matrix”就可以找到。还有两个前提条件。
首先，输入的Z矩阵结构参数必须全部用变量定义，不能出现常数，否则不打印结构参数。例如水分子的Z矩阵坐标输入：

O H 1 r1 H 1 r1 2 104.0 r1 1.0

无法得到优化后的Z矩阵结构参数。如果键角在优化过程中保持冻结，必须改为：

O H 1 r1 H 1 r1 2 a1 r1 1.0 a1 104.

其次，Z矩阵坐标中不能有虚原子，因为虚原子在优化过程中被忽略，导致它们的位置不容易确定（由于同样的原因，虚原子涉及的结构变量在优化过程中可能无法冻结）。对于有些高对称性的结构，不用虚原子无法定义Z矩阵，这种情况下只能用OPT(z-matrix)做优化。