GAMESS


1.问：如何在BSSE计算中定义虚原子（dummy atom）？
　答：　
　　在原子坐标处的核电荷使用0.0，接下来定义基组。注意不要用基组库的基组，因为程序找不到0号元素的基组。例如把硼定义为虚原子，输入为：
Boron     0.0     0.000000 0.000000 1.700000
... (basis set of boron)
2.问：如何指定不同的ECP？
　答：　
　　GAMESS自定义ECP非常麻烦，需要把所有原子的ECP按照坐标中的顺序（注意：如果用了对称性，还必须包括未输入的对称等价原子）逐个指定一遍。即使是没有ECP的原子都不能忽略。例如，下面是Oh对称性的笼状团簇Mo6Cl8F62-，给其中的Mo和Cl原子指定ECP。Mo用自定义ECP，Cl的ECP为内置的SBKJC。在第一次指定了Mo和Cl的ECP之后，其余Mo和Cl的ECP无需再给出数据。至于每一行是什么原子，只有用GAMESS运行一次单点测试计算（$CONTRL EXETYP=CHECK $END）才会知道。

 $CONTRL PP=READ $END
 $DATA
--- CAGE ---
Oh

Mo  42.0    0.000000    0.000000    1.902903
F    9.0    0.000000    0.000000    3.800656
Cl  17.0    1.753201    1.753201    1.753201
 $END

 $ECP
MO-ECP  GEN    28      3
    2
        -24.8051771    2                   9.45
         -4.1537815    2                   4.72
    4
        180.1031085    2              9.7145938
         24.9972279    2              4.6805004
         24.8051771    2                   9.45
          4.1537815    2                   4.72
    4
        123.7727523    2              8.1421366
         19.5302280    2              4.6259863
         24.8051771    2                   9.45
          4.1537815    2                   4.72
    4
         48.3750223    2              6.6184148
          8.8920527    2              3.2487516
         24.8051771    2                   9.45
          4.1537815    2                   4.72
F-ECP  NONE
F-ECP  NONE
F-ECP  NONE
F-ECP  NONE
F-ECP  NONE
F-ECP  NONE
CL-ECP SBKJC
Cl-ECP
Cl-ECP
Cl-ECP
Cl-ECP
Cl-ECP
Cl-ECP
Cl-ECP
 $END
　
3.问：如何指定不同的基组？
　答：　
　　有很多种方法，但是相对来说，比较好的办法是定义外部基组文件。特别是使用了Z矩阵坐标，或者原子数较多的情况下，用外部基组文件最方便。
4.问：如何定义和使用外部基组文件？
　答：　
　　首先建立基组文件。基组文件是一个文本文件，把各种原子的基组按照GAMESS格式写入这个文件，并保存。注意对于同一种元素，基组名不可重复。在不同基组数据之间，可以加入注释。

例如，名为mybasfile.data的基组文件，内容如下：

! BASIS="mydz"
! Elements: H,He,Li,Be,B,C
! BASIS="mytz"
! Elements: H,He,Li,Be,B,C
! BASIS="myqz"
! Elements: H,He,Li
!
H  mytz
S 3
1 34.0613410 0.60251978E-02
2 5.1235746 0.45021094E-01
3 1.1646626 0.20189726
S 1
1 0.32723041 1.0000000
S 1
1 0.10307241 1.0000000
P 1
1 1.40700000 1.0000000
P 1
1 0.38800000 1.0000000
D 1
1 1.05700000 1.0000000

He  mytz
S 3
1 98.078321616 0.75803064967E-02
2 14.764404247 0.54848620937E-01
3 3.3185831473 0.22074382186
S 1
1 0.87413869551 1.0000000000
S 1
1 0.24459897208 1.0000000000
P 1
1 3.04400000 1.0000000000
P 1
1 0.75800000 1.0000000000
D 1
1 1.96500000 1.0000000000
（以下略）

注意，基组文件不包含ECP信息。ECP必须在输入文件中定义。

使用外部基组的时候，首先修改GAMESS自带的运行脚本文件（旧版为rungms，新版为gms-files.csh），指定其中的环境变量EXTBAS为基组文件的真实路径。例如
setenv EXTBAS /home/myID/GAMESS/work/BAS/mybasfile.data
201x年以后版本的GAMESS，EXTBAS在gms-files.csh文件中定义。如果该文件是多用户共用的，可以把rungms复制到个人目录下，找到其中调用gms-files.csh的地方，在后面加入以上命令。

最后，在GAMESS输入文件中指定所用的外部基组。例如，使用mybasfile.data中的mytz基组，命令为：
 $BASIS GBASIS=mytz EXTFIL=.t. $END
　

5.问：如何指定Pople类型的基组？
　答：　
　　非常繁琐。例如，6-31++G(d,p)的输入是：
 $basis gbasis=N31 ngauss=6 ndfunc=1 npfunc=1 diffsp=.t. diffs=.t. $end