显示ADF分子轨道的几种方法
1. 用ADFview读取TAPE21文件。这是最方便的了,但是ADFview需要花钱。 以下办法适于穷人。 2. 转化成格式化的.t41文件。 需要ADF的densf和dmpkf工具。densf从TAPE21文件提取所要的轨道,产生二进制的TAPE41文件。dmpkf把二进制的TAPE41文件转化为格式化的.t41文本文件。目前,免费软件Gabedit和Molekel都支持.t41文件,不过都有缺陷。Gabedit运行于Windows/Mac OS/Linux,可以显示分子模型和电子密度,但显示轨道存在问题。 Molekel建议用5.1.1版,高于此版本的Molekel在产生格点时会出现异常操作。5.1.1版在主页上已经不提供了,以下是Windows版的下载连接,运行于Mac OS/Linux的5.1.1版也可以在这个目录下找到:http://ftp.bioinformatics.org/pub/molekel/molekel_5_1_1_win.exe Molekel 5.1.1存在两个问题: 每次只能显示一个相位的轨道。如果想把正负两个相位的轨道画在一起,需要分别打开两个.t41文件。 轨道跳跃。.t41中的轨道按照不可约表示排序,这个顺序是ADF内定的。如果densf跳过了某个不可约表示,那么Molekel读到此就停止了,后面的轨道不会出现在菜单中,也就无法显示轨道了。解决的方法有两种:一是编辑.t41文件,删除轨道数为零的那些不可约表示。二是在densf的输入文件中,每个不可约表示至少指定一个轨道。 Molekel画的轨道比ADFview柔和(有点类似于GNOME和KDE两种X-window在外观上的区别),而且支持3D矢量图输出(ps,eps,pdf)。 3. 把.t41文件转化为cube文件。产生.t41文件的方法见上。有一个叫做adf2cube的免费工具软件可以实现.t41到cube的转化,它运行于Windows。下载见: adf2cube把.t41文件中的每个轨道都存为一个cube文件。 adf2cube有两个问题需要注意。 cube文件名问题。adf2cube用不可约表示+轨道序号的方式自动命名cube文件。windows操作系统不支持一些特殊符号命名的文件,如果不可约表示中有非法符号,则无法产生cube文件。两个非法符号经常遇到:冒号“:”,出现在简并轨道的情况下,如E.g:1,E.g:2;除号“/”,出现在自旋轨道耦合计算中,同时也有冒号,如E1/2:1,E1/2:2。需要事先编辑一下.t41文件,把所有的“:”和“/”替换为系统允许的“.”,“-”,“_”等。 格式问题。支持cube文件的软件很多,从大名鼎鼎的Gaussview到免费的Gabedit,但可惜的是,它们都打不开adf2cube产生的cube文件。只有一个叫JIMP2的免费软件,支持adf2cube产生的cube文件。JIMP2运行于Windows和Linux,可以在这里申请并下载: JIMP2目前还不支持矢量图输出。想保存矢量图的话,可以在JIMP2打开cube文件后,另存一次。用Gabview打开新的cube文件,存为矢量图。 4. 转化成MOLDEN格式,需要ADFrom工具(MOLDEN的FTP上有)。这个方法不推荐,因为ADFrom不支持ADF2002以后版本产生的TAPE21文件,除非自己修改源代码,而且MOLDEN打开文件的过程非常慢。不过,MOLDEN可以输出多种级别的矢量图(eps,pdf),从最简单的2D等高线图到非常复杂的3D图,不会像Molekel丢失细节,特别是利用OpenGL画的图形,极其漂亮。对于追求完美的朋友来说,MOLDEN值得一试。 |