发布版包含了大约60个程序，它们相当好地协调工作。主要的程序有：
sander：用来自NMR的能量限制模拟退火。可以基于来自NOE的距离限制和扭转角限制、基于化学位移和NOESY值的性能损失函数，进行NMR的精细化。Sander也是用于分子动力学模拟的主程序。
gibbs：程序包含自由能微扰(FEP)和热动力学积分(TI)，还允许平均力势(PMF)的计算。
roar：进行QM/MM计算，“真正的”Ewald模拟，以及备用的分子动力学积分程序。
nmode：使用一阶和二阶导数信息进行简正模式分析的程序，用于寻找局域最小值，进行振动分析，寻找过渡态。
LEaP：X-window程序，用于基本模型，AMBER坐标和参数/拓扑文件的创建。它包含分子编辑器，可以创建基团和操作分子。
antechamber：该程序套件对大多数有机分子自动产生力场描述。它从结构开始（通常是PDB格式），产生LEaP可识别的文件用于分子模拟。要求对蛋白质和核酸产生的力场与通常的Amber力场一致。
ptraj和carnal：用于分析MD轨迹，计算参考结构的RMS偏差，氢键分析，时间相关函数，扩散特性，等。
mm_pbsa：脚本，对MD轨迹自动后期处理，用连续溶剂方法进行热力学分析。它能够把能量归属到不同的基团片断中去，并估算不同构像之间的自由能量差。8.0版的新功能：
1. 力场。加入四个新力场：基于连续溶剂环境量子计算，重新参数化的全部原子蛋白质力场(ff03)；对分子的应用范围作了大幅扩充的普通Amber力场(gaff)适用于共轭体系；新版的多糖力场(glycam04)；以及QM/MM工具，体系的一部分可以使用半经验方法（如AM1，PM3）得到的能量和力。
2. 广义Born (GB)模型。新参数化后的Amber 8提高了Poisson-Boltzmann结果的精度，计算更快。GB模型可以使用局部增强取样(LES)方法，以及执行恒定pH模拟。Langevin动力学可以模拟溶剂摩擦的影响。
3. 溶剂模拟。可以用考虑长程静电影响的Poisson-Boltzmann反应场模型进行非周期性模拟。溶剂的周期性计算较前一版本更快，在并行环境下标度更好。
4. 取样与自由能计算：支持副本交换（或“多正则”）模拟，对模拟平均场的势和热力学整体自由能的方法进行改善。
5. 连接到其它程序。Amber可以使用MD-GRAPE硬件，可以连接到Istvan Kolossváry的LMOD方法用于对接和构象分析。Amber组件还可以包含半经验量子计算和有限差分Poisson-Boltzmann计算程序。 9.0版的新增功能：
1. 力场：多种新的力场类型，包括：对已有的f99和ff02蛋白质力场进行的升级，对肽和蛋白质的扭转参数做了改善；新的联合原子力场，使用与ff03全原子力场类似的驱动体系；扩充了gaff力场，增加了分子的适用范围，特别是对共轭体系；支持Ren和Ponder的AMOEBA极化势；半经验的价键模型，可用于对化学反应构造近似的势。
2. QM/MM模拟：QM/MM支持气相、隐含液相，以及周期边界条件模拟，体系的QM部分可以来自半经验方法，如MNDO，AM1，PM3，或PM3/PDDG。与早期版本相比，QM/MM改善了精度、能量收敛及程序的性能。气相或溶剂层的QM/MM模拟还可以用MNDO/d或SCC-DFTB哈密顿量。对已几百个原子的大型量子区，可以使用分而治之的线性标度方法，化学位移可以从半经验波函计算。
3. 广义Born模型：成对的分子体积校正，对于分子表面Poisson-Boltzmann和显式溶剂结果的符合程度，比以前的Amber GB模型更好。
4. 升级了Poisson-Boltzmann应用程序，包括：新的非键程序；基于显式溶剂自由能模拟，重新优化的原子空穴半径；改善了静电势显示选项；以及新的非极化溶剂模型用于直接处理弥散相互作用，可以极大地改善显式溶剂中非极化溶剂自由能的关联。
5. 拉皮筋的模拟方法，用于搜索复变换中的近似过渡态。自动导向的Langevin动力学方法可以加速构象搜索。
6. 路径积分分子动力学模拟，对核运动使用量子动力学而不是牛顿方程，用于简化平衡正则分布。
7. 用Jarzynski等式，从非平衡“靶向”或“拉伸”模拟估算自由能。
8. 升级了仿形交换方法，包括改善了标准仿形交换代码，并支持一些新的仿形交换方法，其中使用混合溶剂模型，对显式溶剂中的大体系可减少所需的仿形数量。
9. 对扩充的程序pmemd在速度和并行标度方面的一般改善，现在包含了广义Born功能。
10.sander，pmemd和ptraj现在支持NetCDF二进制轨迹文件。与格式化的轨迹文件相比，二进制轨迹文件更小，精度更高，读写速度更快。NetCDF为文件可移植性提供了交叉结构，允许格式向下兼容，并使文件自说明。VMD 1.8.4支持此文件格式。 10.0版的新增功能：
1. 力场：多种新的力场类型，包括新的水及离子模型；更新了核酸和碳水化合物的参数；并行支持AMOEBA极化势；改善了经验价键模型，可用于构造化学反应的近似势。
2. QM/MM模拟：可以在周期溶剂箱中或用广义Born溶剂模型进行DFTB计算；代码更快并实现并行化。
3. 自适应偏置模拟可用于加速取样和自由能的收敛。
4. 路径积分分子动力学模拟，对核运动使用量子动力学而不是牛顿方程来进行平衡正则分布取样。通过对质量的热动力学积分，可以估计平衡同位素效应和和动态同位素效应。用量子瞬时模型估算速率常数，可以用环形聚合物MD或中心MD方法计算近似的量子时间关联函数。
5. 在ptraj中提供了一套新的构型聚合工具。
6. 新的自由能工具可以简化蛋白质突变的设置，可进行单、双拓扑。软芯势工具可用于有原子出现或消失的取样，不用创建虚原子。
7. 更新了复制交换方法，包括：改善标准的复制交换代码，支持非波尔兹曼热库的交换方法；使用杂化溶剂模型减少溶剂中大体系所需的复制数量。
8. 显著改善了扩展pmemd程序的速度和并行标度，现在包含了广义Born热容，支持偏中心电荷（与在TIP4P或TIP5P中相同）。
9. 完全包含了低模式（LMOD）搜索工具，它基于低频简正模式。 11.0版的新增功能：
1. 力场：支持大多数CHARMM固定电荷力场，包括带有CMAP扭转势的力场。此外还有升级版的GAFF——用于有机分子的Amber力场。
2. 新参数化的广义Born溶剂化模型，对肽类和蛋白质做了优化。
3. 用于数值Poisson-Boltzmann溶剂化计算的扩展选项。
4. 通过Kovalenko-Hirata（及其它）封闭近似，用3D-RISM积分方程模型估计溶剂化效应。
5. 改善了与Chimera显示程序及UCSF DOCK程序的集成。
6. 在改变哈密顿量模型的自由能计算中，使用了简化方法，包括原子出现和消失的更佳流程。
7. Amber 11包含了新的拉橡皮筋模型，用于搜索构象迁移的低能路径。它只能用于体系的一部分，或者直接的溶剂模拟中。
8. 升级版的脚本用于pH常数模拟和MMPB/SA自由能计算。
9. 加入极性版的各向同性周期求和模型，以及相应的IPS-DFFT。
10.用pmemd的MD模拟可以利用NVIDIA GPU卡，与传统CPU代码相比可以获得显著的加速。 12.0版的新增功能：
1. 力场：新的固定电荷蛋白质力场ff12SB；增强了对极化势的支持；新的模块化油脂力场Lipid11
2. 数值Poisson-Boltzmann溶剂计算增加新选项，包括膜和周期体系的模块
3. 增强的3D-RISM积分方程模型，使用Kovalenko-Hirata闭合近似可以更好地处理水电解质
4. 改进了自导向Langevin动力学和加速分子动力学的思路，可以改进沿着软自由度方向的取样
5. 简化了安装和自动升级
6. 半经验量子力学计算可以使用含d轨道的哈密顿模型，如AM1/d和PM6
7. QM/MM到各种外部量子化学程序和量子模型类型的接口
8. pmemd大量功能支持GPU
9. 增强的方法用于改变哈密顿模型的自由能计算
10.新的工具可以用电子密度图作为限制，以及使用刚性（或部分灵活的）基团 |